安全委员会执行委员会的成员，各抒己见，几经争执，终于选取了偏好度最大的方案—封锁决策。
1、不能无动于衷，听之任之
国防部长麦克拉马纳认为，美国已经长期生活在苏联导弹的射程之内，“导弹就是导弹，至于你被从苏联发射的导弹或从古巴发射的导弹杀死，那有什么了不起的差别?”并认为，如果把苏联这次在古巴部署导弹看得若无其事，我们就可以防止他夸大导弹的重要性，因此不必采取行动。肯尼迪说:“最坏的事情将是无所作为”，认为如果美国接受了苏联的这一步，那么下一步就会接踵而来。
2、通过外交渠道解决问题行不通
前驻苏大使查尔斯·波伦和卢埃林·汤普森曾敦促肯尼迪进行私下谈判，当时供选择的外交行动是呼吁联合国或美洲国家组织建立观察小组，举行直接同赫鲁晓夫谈判的最高级会议;以撤除美国在土耳其的导弹基地作为换取苏联撤除在古巴导弹基地的办法。肯尼迪认为让联合国辩论这个问题会是一个拖延时间的过程，赫鲁晓夫可以采取模棱两可的态度，而苏联在古巴的导弹在此期间却将变得确实可用。同赫鲁晓夫的最高级会谈则是不现实的。另外，尽管在土耳其部署的朱庇特导弹已经陈旧过时，但不能在危机期间撤除，否则就会被盟友和敌人说成是“在压力下的让步”。
3、排除空中打击方案
空袭方案就是应用一种“外科手术式”的袭击，由美国飞机用常规导弹在几分钟内突然而迅速地把导弹发射场消灭掉。该方案由于可能干净利落和有效地搞掉导弹而具有对大多数人的吸引力，一肯尼迪本人在初期也倾向于这种解决办法。但随着讨论、争辩、分析，空袭方案的缺陷日益明显。首先，采取空袭方案会排除掉许多可供选择的方案，特别是那些非军事性质的倡议，这样就会使决策单一化，违背了执委会召开的初衷;其次，采取空袭的措施同美国的传统和历史是相抵触的。罗伯特·肯尼迪听了空袭建议后便想起了日本东条计划袭击珍珠港时的情景。其次，“外科手术式”的空中打击在军事上也是不现实的。空袭并不能保证所有的导弹都会被摧毁掉，既有升级的可能，又可能会导致入侵。在这种
情况下，人们转而去寻求其他的可供选择办法。
4、决策优化选择结果—封锁
在执委会成员逐一分析排除具有较多不利因素的方案后，一种较有可能既防止苏联进一步运进导弹，又能逐步施加压力以迫使苏联撤出导弹，而且还能控制局势的方案—封锁逐步为执委会大多数人所接受。封锁与空袭等方案比较是一种更为有限、更为低调和更为有效的军事行动，其可行性更强。这是因为:第一，封锁可以避免直接诉诸战争手段，具有灵活性，挑衅性也少。它给赫鲁晓夫一种选择，只要使他的船只避开，就可以避免一切直接的军事冲突。第二，封锁使美国方面可以控制局势，在必要时扩大到对非军事物质的封锁，使它又成为一种逐渐加强压力的办法。第三，封锁是慎重克制的，可以避免重大伤亡和进攻古巴领土。第四，封锁在地理位置上对美国有利。第五，如果封锁发生作用，苏联人可以体面地撤退。
5、肯尼迪总统的个性在最终决定实行封锁政策中的反映
肯尼迪竞选总统时一句著名的话是:“现在是使这个国家再度行动起来的时候了。”他从这里开始了挑战和接受挑战。
在获知古巴出现苏联导弹的情报后，肯尼迪冷静地要求拍摄更多的照片以增加关键性证据的数量，责成执委会成员在事实真象和美国的反应宣布以前，严守秘密，保持主动。
在执委会进行采取何种措施的决策讨论中，肯尼迪让执委会的成员们对各种问题和供选择的方案进行自由而坦率的讨论，还经常和级别较低的顾问保持个人接触。在一经确认封锁较之其他方案;有更多的优点，而且看来是缺点最少的时，肯尼迪就断然作出了封锁决策。既使如此，他还是考虑在行动的同时，也不让他的对手失去退却的机会。在以后的公开对抗中，他总是冷静而准确地估量，敏感地校正对危机的控制和对力量的灵活使用。