股权激励试点，旨在加快推进中关村示范区高等院校、科研院所、企业的股权和分红激励试点，探索科技成果类国有资产管理的新模式。社会组织改革，研究促进协会、自然科学类的研究会和民办非企业单位、公益性非公募基金会等社会组织开展活动。
工商管理改革，解决如何落实国家工商总局关于促进示范区建设的有关工商管理改革政策等问题。科技重大专项经费列间接费用，针对如何进一步提高财政投资科技项目的资金使用效率。
政府采购自主创新产品。应在哪些类项目方面扩大对自主创新产业的采购和应用，如政府投资类项目、国防建设。创新型产业组织参与国家重大科技项目，探索新型产业组织参与国家重大科技项目的有效途径和机制。
知识产权工作，以实施名牌战略等加快国家知识产权制度示范园区的建设。行政管理工作，加强在行政审批、统计、联动机制等方面完善行政管理工作，提高政府部门服务的水平和效率。