相关信息透明度不够高。目前政府采购中还存在信息公开不够，透明度不高，社会公众不知晓，相关当事人不明了等问题，这就可能导致采购人指定品牌、代理机构干预评审、评标专家受利益驱动、供应商相互勾结搞串标陪标、政府官员与企业搞权钱交易等问题的发生。
责任追究不够到位。虽然相关的法规规章明确了政府采购中的各种违法行为，但对违法行为的认定、违法的责任、处分的档次等缺乏具体实施细则，可操作性不强。依据现有的相关规定，问责对象主要是针对直接责任人，对主要负责人决策失误，领导不力，管理不到位，不正确履行职责等问题，由于缺乏相应的问责规定，因此较难实施问责。在问责方式方面，对政府采购相关机构中属于公务员的问责方式主要限于行政处分或刑事处罚，很少运用组织处理等措施。