2、建立严密科学的税务稽查体系，突出稽查的地位和作用，最大限度地减少税收流失。税务稽查是组织收入的重要保证，也是建立新的征管运行机制的重要组成部分。一是根据“选案、检查、审理、执行”四个环节健全稽查工作制度，规范稽查行为，提高稽查工作的科学性和规范性。二是坚持分类稽查制度，提高稽查的针对性。按重点稽查、日常稽查（调帐稽查和实地稽查）、专案稽查等方式实施税务稽查，加大申报稽核力度，增加调帐稽查的比例。三是科学地考核稽查工作，提高稽查工作成效。在考核查补收入的基础上，增加一些更加科学合理的质量指标的考核，如人机选案的准确率、重大税收违法行为的立案率、案件审理的规范率、税收违法行为处理的准确率、重大案件结案率等等，促进稽查工作整体水平的提高。四是继续充实稽查力量，改善稽查手段。充实稽查人员，并在财力上向税务稽查作必要的倾斜，尽快实现以计算机手段为基础，以快速便捷的交通、通信手段为支撑的税务稽查手段的现代化。
3、适应征管改革的新形势，积极探索新的税收计划管理办法。在税收计划的编制中，应坚持“从经济到税收”的原则，充分考虑当地经济发展状况和国内生产总值增长比例，逐步淡化计划，使组织收入与经济增长相适应，力求改变以往那种基数加增长比例、按支出来定计划的做法，使税收计划管理更趋科学合理。
（四）夯实基础，不断提高税收征管水平和效率
夯实征管基础工作，是提高征管质量的基础，也是深化税收征管改革的重要内容。
1、以强化监控为重点，尽快建立以计算机网络为依托的征管体系。计算机的开发与应用是深化改革的先行条件。在计算机的开发与应用上，要坚持做到正确处理硬件投资与软件开发以及开发与使用的关系。一是要根据新机制的要求，加强计算机软件开发，确保统一、共享、正确的税收征管软件的正常运作。二是要突出监控重点，积极运用计算机对税收管理的全过程实施有效的监控，真正体现计算机网络在新的征管运行机制中的依托作用，把计算机全方位应用到税务登记、纳税申报、税款征收、催报催缴、发票管理、会统核算、数据分析、税务稽查、税政管理、综合查询等税收征管工作的各个环节上，并依托计算机对其进行全程监控管理，体现计算机网络的运行实效。三是要健全计算机软、硬件管理制度，加快实现计算机联网和信息共享，提高计算机综合利用效率。
2、加强征管基础管理。内部进一步健全各项征管制度，规范征、管、查业务流程、工作程序和衔接、协调制度，提高征管各环节的整体效能，形成以效率为中心，网络为依托，稽查为重点，各环节相互协调、相互制约和促进的现代税收征管体系。对外健全协税护税网络和制度，调动一切社会积极因素，加强对漏管户和重点税源户的管理，有效地控管税源。
3、规范征管资料管理，提高征管资料的利用效率。当前要在征管资料档案化管理的基础上，重点把工作转移到对档案资料的简化、规范、提高利用效率上，可按照“按岗收集，按类整理，按期归档”的原则，以计算机管理为主，部分手工为辅，减轻手工劳作，提高工作效率。
（五）搞好配套，为深化征管改革提供保障
适应新的征管模式的要求，要继续深化两项配套改革：
1、深化机构改革，建立较为科学、合理的征管机构体系。以“精简、效能”为原则，调整和理顺机构。要按照管理服务、征收监控、税务稽查、政策法规四个系列科学设置机构、岗位。在此基础上，健全部门间的工作衔接制度，明确职责，严格执行管理程序，使征收管理各项工作有效开展。
2、深化干部人事制度改革，建立与新的征管机制相适应的人事管理制度，促进干部队伍整体素质的提高。当前关键要建立健全三项机制：一是竞争机制。通过推行竞争上岗制度，改善各级领导班子的年龄结构和知识结构，为征管改革提供组织保证。二是激励机制。结合专业化管理，制定科学合理的岗责体系，明确各岗位的工作职责和考核要求，完善岗位责任制考核。结合岗位责任制考核，按工作实绩核定奖金数额，改变以往奖金分配上的“大锅饭”现象，增强干部的事业心的工作压力感、责任感。三是监督制约机制。结合征管改革，在税务登记、票证管理、税款征收、税务稽查等环节和重要岗位建立监督制约机制，重点加强对税收执法权和行政管理权的监督制约，以制度规范和约束干部的行为，确保税务部门依法行政，公正执法。