卫生监督执法是代表政府的行政行为，必须体现公正性，其监督执法行为必须与其利益脱钩。但没有稳定收入来源的卫生监督机构，如果长时间不能解决经费问题，执法的趋利性就不可避免，它们首先必然考虑生存问题，不可能保证监督执法的公正和规范，十分不利于卫生监督机构的健康发展。同时由于经费的缺乏，执法装备、交通工具、现场取证工具等都严重落后和不足，限制了卫生监督工作的有效开展，而职工各项福利待遇不能得到有效落实，也难以调动卫生监督人员的工作积极性。
4、卫生监督人员的进出口不畅，限制了卫生监督队伍整体素质的提高。
尽管卫生监督机构目前存在种种困难和不足，但它仍是全民事业性质、应当全额财政拨款的单位，同时具有行政监督执法权，仍是许多求职者向往的工作单位。由于事业单位的人事制度改革尚未全面开展，监督机构本身没有人事权，存在着不适应卫生监督工作的人员不能有效分流，想要的专业对口、素质高的人才不能及时引进，而通过各种关系进入的人员不一定适应卫生监督工作的要求，这种现象的存在严重限制了卫生监督队伍整体素质的提高。
5、卫生监督和卫生技术服务的范围界定不清，导致卫生监督机构与疾病预防控制机构的工作职责难以明确。
卫生监督与卫生技术服务相互联系、相互依存，因此两者的分工与协作对于理顺卫生监督体制具有重要意义，而在实际工作中各区县普遍存在卫生监督所在工作中与疾控机构协调配合不够的问题，其中健康证的办理、检测报告、监督监测、各种报表的上报等矛盾突出，影响了卫生监督工作的正常开展。
6、卫生监督的网络不健全。
卫生监督体制的改革，原来曾为城乡卫生监督工作发挥重要作用的乡、镇一级的防保机构的业务关系、经费来源和人员编制没有重新理顺和落实，使这些防保机构逐渐萎缩，而郊区、县的卫生监督所人员本身就不足，加之辖地辽阔、点散、量大，对乡镇的卫生监督难以到位，使许多乡镇存在卫生监督的空白点。
三、加强全市区县卫生监督队伍建设的对策和建议
建设一支作风正、业务精、纪律严的行政执法队伍，是搞好卫生监督执法工作的基础。必须致力于解决执法人员素质不高，执法者不懂法等问题，努力推进卫生监督人员由提高法律意识向提高法律素质转变，努力推进卫生监督管理工作由注重监督频次向注重监督质量转变，不断提高依法行政水平。
1、各区县卫生监督机构要严格内部管理，建立健全各项工作规章制度、工作程序及依法行政制度（包括行政处罚复议制度；重大处罚案件备案制度；罚缴分离制度；投诉举报查处制度；行政执法责任制；错案追究制度等）。进一步明确各职能科室的责任分工，制定具体目标，各项责任落实到人，严格执行，定期检查，并与科室和个人效益挂钩。保证机构内部的协调、高效运转。
2、严把监督员入门关。要切实加强卫生监督员的队伍建设，首先就要把好监督员的入门关，应积极探索补充卫生监督员新鲜血液的好方法，逐步实行必须通过严格考试并经过综合素质测评的方式来录用新的卫生监督员。只有这样，才能充分保证卫生监督员的专业素质和法律素质，进而全面提高区县卫生监督队伍的整体素质。
3、对已在岗的卫生监督员要进行多种形式的在职培训和继续教育，努力提高他们的专业技术知识水平、综合法律知识水平和职业道德水平，定期对所有监督员进行多种形式的考核，让他们适应新的市场经济形势的执法工作需要。提高卫生监督人员的执法水平，强化培训是基础。为培养一支既熟悉卫生专业知识，又掌握法律知识的复合型卫生执法队伍，应紧抓提高卫生行政执法人员的业务素质和依法行政意识不放松，以适应日益完善的卫生执法体系的执法工作的要求。为此，要建立健全卫生监督人员的培训制度。要采取平时自学为主，授课培训为辅的方法，组织行政法学、程序法学及专业法规等专题培训，培训结束后，严格集中统一考试，对考试不及格人员必须在规定时间补考，未取得年度规定学分的，必须离岗学习。