（二）不利影响
1、农村信用合作社自身发展的需要使其偏离合作金融方向。
我国的农村地区经济发展水平低，资金投入不足，资金回报率低，农村金融体制改革总的方向就是要增加农村资金投入，建立为农村经济发展的完善的金融体系。信用社作为农民的金融合作组织，农村金融服务的主力军，承担着为农业、农民、农村服务的义不容辞的责任。然而，农业是弱质产业，自然灾害风险和市场风险都很大，比较效益低，如果信用社的资金大量投入农业，必然造成资金回报率低、回收难。信用社改革后，成为自主经营、自负盈亏的经济组织，信用社自身的发展无论从其本身吸收股本、扩大规模，还是从提高资金使用效率、降低经营风险来看，都不愿意把大量资金投入农业领域。所以，农村信用社有着烈的离农倾向。出现了中央要支农、地方要发展、监管部门要防范风险、农信社要生存的矛盾。
2、信用合作社资金非农化倾向。
目前，我国以合作制形式存在的农信社大多有着大量不良资产，亏损严重，资不抵债。鉴于信用社经营资产不良状态，没有人愿意入股。而且，落后地区的农民相当贫困，很少有货币财产，靠他们入股集资，是达不到开办农信社的标准的。落后地区，有钱的人不需贷款，不愿意入股信用合作社；无钱的人想贷款但没有钱入股。这就决定了农村信用社的资金筹集只有走股金资本化的道路，只有这样才能不断补充资本金，维持信用社的生存与发展。因此，出现了合作金融的性质与股金资本化之间的矛盾。在资金的运用上，成立县级统一法人后，县联社与基层社的权力配置发生了变化，基层社的经营自主权变小了，原来，基层社可以根据本地情况，确实贷款的对象、期限与额度，现在，受到县联社的制约，对要地急需资金的农户和经济组织难以及时给予支持。基层社的贷款授权一般在10万元以下，对农户小额信用贷款最多也不超过5万元，对最大的一宗客户贷款余额不得超过信用社资本总额的30%。那些最缺资金的农户和企业得不到及时的资金支持。所以，信用社资金筹集与使用都有非农化倾向。
3、地方政府管理导致行政干预信用社发展。
省级人民政府要坚持政企分开的原则，对信用社依法管理，不干预信用社的具体业务和经营活动，不把对信用社的管理权下放给地（市）、县、乡政府。实际上，在地方政府有管理权的情况下，信用社的人事权掌握在地方政府手中，要保证其不对信用社进行干预是非常困难的，农村信用社很容易成为地方政府的第二财政。因此，信用社的新一轮亏损及金融风险无法避免。目前，我国各级地方政府财政吃紧，债务缠身，所以，大有挖东墙补西墙之势，尽管他们也知道信用社的亏损再也不可能再由中央政府埋单，但在情急之下，也管不了那么多，毕竟发展是第一要务，不投资哪来发展？哪来GDP增长？而且，在当地出现社会稳定问题时，就更管不了将来的亏损，将来的问题只有留待将来慢慢去解决，他们必须利用手中的权力来解决目前的问题。在经济发达地区，财政状况要好些，筹集资金也相对容易，这些问题还不明显，但在落后地区、贫困地区就十分严重，因为除了信用社有可挪用的资金外，地方政府没有别的渠道来解决燃眉之急。
三、以服务“三农”为导向，深化农村信用社改革
农村信用社作为由广大农民群众自愿入股组成的金融组织,根在农村,在农民。解决好“三农”问题,既是农村信用社生存和发展的需要,又是党和国家赋予农村信用社的重要社会职责。50多年来,农村信用社对农村经济的发展作出了突出的贡献,而今已成为农村金融的主力军和联系农民最好的金融纽带,成为农民、农业和农村经济发展不可或缺的重要支持力量,因此,在全面建设小康社会的新形势下,农村信用社必须把自身发展同做好支农工作、推动农业增效、农民增收、农村产业结构调整、农村居民非农化、农村劳动力转移等新情况结合起来,依托政府组织,发挥自身优势,找准支农着力点,创造农村经济发展的支撑点。