二、存在的问题和困难
1、认识不够到位，农民参合率仍然偏低。ＸＸ县农民参加新农合人数只占农业总人口的55.4%，在全国、全区各试点县中是比较低的。其原因主要有三点：一是部分基层干部的工作积极性不高。部分村干部甚至个别乡镇干部对推行新农合的目的、意义缺乏了解，对开展工作信心不足、热情不高。二是许多农民对新农合不信任。这些农民对新农合制度能否长久执行下去，各项政策能否真正兑现，经费会不会被截流、挪用、贪污或私分，实施过程中有没有凭关系、走后门，在报销范围和额度上是否因人而异等都有顾虑，采取观望、等待的态度而不参合。三是一些农民自我保健和互助共济意识不强。他们认为合作医疗保障水平低，参加的意义不大，或认为全家人身体都好，交了钱也不会花在自己身上，只是白作贡献。
2、补偿规定不尽切合实际，服务质量欠佳。目前正在执行的新农合制度中，一些补偿标准还不尽合理，主要是自费药品过多，起付线偏高，致使统筹资金沉淀过多，受益患者得到补偿的金额有限，与广大农民的期望相差较大。到今年11月20日止，为参合农民报销医药费的比例为21.3%。住院医药总费用的报销比例为20.4%，低于全国24%的平均水平，门诊补偿报销的比例为38.7%。调查问卷显示：49%的农民首选在个体诊所处看病，只有34%的农民首选在乡镇医院看病，而首选县级以上医院的只占17%。农民宁可在个体诊所处看病而不愿去大医院（指乡镇以上医院，下同）治病的原因：一是所获得的补偿与支出相差太大。普通小病，在个体诊所那里一般只需几元至十几元钱，而到大医院则要花费数十元，甚至一百几十元，还要来回车费，扣除报销补偿外自己所花的钱仍然要比在个体诊所看病多得多。一些比较常见的小病，到大医院治疗常被医生要求做各种检查、化验，小病当大病看。二是个别医生开药不负责任。个别医生对开自费药的规定不熟悉或解释不到位，不告知农民能否报销，有的甚至不负责地把一些不能报销的药都说成能报销。三是不住院得不到报销。一些慢性病或“小病”患者，需要经常服药治疗、开销大，在门诊治疗就可以了，并不需要住院治疗，若要获得较高比例的报销就必须住院，但住院花费又太大，也很麻烦。四是部分医院或医生的服务态度不够好。一些文化水平不高的农民在问医时难免词不达意，个别医生表现得很不耐烦，有的甚至还很粗暴，比起个体诊所医生的服务态度来相差很远。
3、程序不够简便，转诊制度烦琐。在调查中了解到，农民群众对两项报销规定反映相当强烈。一是所有报销只限于户口所在地的乡镇合管办办理。如果不是在本乡镇卫生院看病，必须在看病医院和乡镇合管办来回跑好几趟，报销得到的钱还不够来回的路费。ＸＸ县是农村劳动力输出大县，外出经商务工农民异地住院治疗，办理报销比较困难。二是转院治疗困难。一些病人希望到条件较好和医疗水平较高的上级医院治疗，但转诊手续很难办理。许多农民为了不延误病情，只好自费转诊治疗。转诊规定缺乏灵活性，加重了患者家庭的经济负担。
4、县级财政负担重，管理运作难度大。参加新农合是自愿的，但就全县而言必须要达到50%以上的参合人数后才能实施新农合制度。ＸＸ县为了发动农民参加新农合，保证有足够比例的参合人数，分别组织了2300多人的县、镇、村三级工作队，分片包干负责，花费了大量的人力、物力和财力。县财政对参保对象要承担补助资金和县、乡镇两级合作医疗工作机构的运转经费，等于县财政多了一项巨额支出，而且这项支出是刚性的。该县财政本来就非常困难，随着新农合的推行和发展，财政的压力将会越来越大。目前，该县财政仅拨付了9.55万元的配套启动资金，县、乡镇农合办的办公经费不足，条件简陋，没有工作用车，特别是没有实行计算机联网，大大增加了管理工作的难度，降低了工作效率；乡镇一级合管办机构的编制和经费没有落实，各项任务全部由乡镇卫生院负责，负担加重。