3.管理模式单一，时效性差。
目前，税务机关的税源管理模式只有一种，即事后管理。具体表现如下：一是对税源的日常管理停留在短期性、阶段性的突击清理整顿上，缺乏长效动态预警管理。二是税务机关当作查补税源管理漏洞的重要手段的税务稽查工作属于税源管理流程中事后监管的一个环节，而且侧重于检查纳税人已经完结的申报资料、账表资料的税源管理漏洞信息，事后分析和检查税源管理的质量和水平，缺乏前瞻想和预见性。三是税务机关在进行税源分析、收入分析时，利用的基本都是税源的事后数据和情况资料，税源动态情况和发展趋势性的资料利用的很少，预测分析结果偏离事实较大。
4.管理手段缺乏，在应对新型经济发展及经济组成形式的挑战中处于劣势。
首先，网络经济发展，给税源管理工作带来了新的挑战，现有的税源管理手段无法应对。其一，在网络经济时代，商品销售的直接表象是商品直接销售给消费者，期间可能存在若干中间者，但是确定难度很大，因此原来可以向代理者、批发商、零售商等环节的课税，现在很可能只能向消费者征收，但是即便如此，也会因随机出现的纳税人数量大幅增加，税源管理难度加大。其二，在网上交易活动中，交易双方通过网络虚拟市场进行交易，而且交易资料很容易更改，而且可能还有加密措施，使得税务机关很难具体掌握双方或多方的交易情况，税源管理也就无从谈起。其三，企业组成形式的频繁变动，也在一定程度上增加了税源管理工作的难度。企业通过重组、兼并、重新发起成立新企业等形式不断变换债权债务关系以及企业与其关联企业之间的频繁业务往来，都有可能成为企业转移利润、隐匿收入，从而逃避纳税的手段和方法。其四，随着国际化进程的不断加速，跨国公司逐步渗入我国的各个地区和领域，而且数量急速膨胀，这给本来就落后的跨国公司税源管理工作又增加了新的难度。
5.发票管理不到位，税收流失严重。
一是假发票泛滥严重。由于发票具有销售和经营凭证的功能，直接决定纳税的多少，尤其是增值税发票集销售和纳税凭证于一身，功能巨大。因此。近些年来，在一些城市人员聚集的公共场所，买卖假发票已经成为一种半公开甚至公开的现象。据有关部门统计，2001年至2003年，公安机关因假发票立案的案件平均每年递增27.5%。例如，2003年破获的浙江史长令团伙，从1992年起一直从事制贩假发票活动，仅2001年至案发的两年内，就制贩假发票100万份，造成税收损失50亿元以上。二是真票假开、虚开、代开、套开发票现象屡禁不止。如2003年河南许昌市47家货运发票领用企业，有27家涉嫌虚开发票，数量多达14415本，虚开金额27.03亿元。此外，转借或借用他人发票二次使用的现象也屡见不鲜，因此加强发票管理已刻不容缓。
（二）税源服务工作存在的问题
1. 割裂税源管理与税源服务的关系，重管理、轻服务。税务人员重管理、重执法、重督导，轻服务的现象还比较普遍。一是税务机关的执法权利在一定范围内被扩大，纳税人应享有的权利没有被完全兑现，权益受损现象时有发生。具体表现在，一些纳税人依法申请减免税的请求不能被及时批复；多缴税款退税的申请不能按法律规定办理，总是被借故拖延。二是税务机关重收入，轻服务。在未完成收入任务的情况下，纳税人的许多合法权益被损害。甚至出现征“过关税”、“过头税”的现象，严重损害了纳税人利益。
2.税源服务不细致、不深入，“重形式、轻内容”，流于表面。
一是税法宣传走过场，只注重宣传形式，不注重宣传效果。当前，税法宣传形式主要拘泥于集中宣传、答复纳税人咨询等有限方式上，缺乏长效、具体、实用、形式灵活、内容丰富的税法宣传方式。二是服务质量有待提高。多数税务机关都非常注重纳税服务厅的服务建设，为纳税人提供电子触摸屏、饮水、老花镜、雨衣雨伞等项服务措施，而且一应俱全。但是一些地方电子触摸屏正常情况并不打开，只在迎接检查时作作样子或者基本没有什么内容；饮水机上的桶装水经久不换，无法饮用等。三是咨询服务差强人意。要保障纳税咨询服务的质量，从事纳税咨询岗位的人员素质非常关键。回复咨询的税务人员业务水平高，语言表达能力强，就会节省纳税人很多时间，使纳税人减少办税环节、少跑冤枉路。但是，在一些税务机关设立的咨询服务窗口，我们了解到从事咨询服务的多是税务机关的征收岗位人员，熟悉税收政策和征管程序的税政和征管法规部门人员鲜有被安排进行咨询服务的，更有少数税务机关，负责纳税咨询服务的竟是聘请的临时人员，回复咨询的质量很难保证。如此以往，税务机关向纳税人公开承诺的“首问负责制”、“零距离服务”只能是一句空谈。