其次，非税收入分成过于复杂。以我省为例，经过多次清理，涉及分成的非税收入目前仍有近140种，参与主体涉及中央、省、市、县四级政府及多个主管部门，并且上下级之间的纵向分成、同级各部门之间的横向分成以及纵向横向交错分成同时存在，例如铁路专用线运输管理收费的分成比例为专用线产权单位40%、铁路部门40%、站（段）区专线办8%、市级财政8%、省级财政4%。分成标准也多种多样，有比例分成、定额分成，也有比例分成与定额分成同时并存，例如由市（州）公安部门执收的护照工本费，省级财政分成70%，其中又按每本100元上交公安部；市级财政分成30%，其中又拨付给申请办理护照者户口所在县财政20元。
分成政策的不尽合理，一方面加大了地方政府的财政压力，同时也导致了一些地方政府越权减免、隐瞒收入或者先计提地方政府统筹资金再进行分成等现象，变相挤占上级分成收入。
（二）结算体系不够健全
非税收入的分成结算至今未形成一个科学完整的体系。目前非税收入分别纳入一般预算、基金预算和财政专户管理，其中前二者纳入人民银行国库结算体系管理，后者则由财政部门在商业银行开设的财政专户进行管理。同时，现有的国库分成结算体系也不能完全满足非税收入征管和分成结算的需要。人民银行的国库分成结算体系主要是针对税收的征管流程而设计的，然而与税收收入相比，非税收入在性质、特点等方面均存在着一定的复杂性：一是非税收入的分成项目远比税收复杂。以我省为例，非税收入涉及近500个收入项目，其中涉及分成的项目近140个，收入项目、分成内容均远远超过税收收入。二是非税收入涉及的分成主体比税收复杂。税收收入的分成主要涉及中央财政与省级财政，而非税收入的分成结算从纵向看涉及中央、省、市州、县市区四级财政，从横向看还可能涉及多个同级主管部门。三是非税收入的分成标准也比税收复杂。税收收入基本上采取的都是比例分成，且分成比例按税种设定。非税收入的分成标准则包括比例分成、定额分成、超额分成等多种方式，即便是同一项目，也有可能同时涉及上下级分成、同级分成等多种分成方式。四是非税收入的管理方式比税收复杂。税收收入已全部纳入预算管理，而非税收入分别纳入一般预算、基金预算或财政专户管理，其中纳入一般预算和基金预算管理的收入结算通过人民银行国库办理，纳入财政专户管理的收入结算由各级财政部门办理。
由于非税收入本身的复杂性，其分成结算目前还无法直接照搬税收分成结算的模式。人民银行国库分成结算体系也仅局限于排污费等少数非税收入分成项目，难以全面完成非税收入的分成结算工作。另外，从现实看，目前税收收入的分成结算体系发展到今日这样较为完善的程度，是经过了几十年的不断探索、逐步健全的实践过程，而非税收入的分成结算又是一项比税收分成结算更加复杂的工程。因此，非税收入分成结算体系的建立与健全不可能一蹴而就，必然要经历一个较长的探索过程。
（三）制约机制不能到位
《**省非税收入管理条例》颁布后，我省各级政府相继出台了一系列非税收入管理的制度和措施。但目前非税收入分成结算尚未制定专门的监督检查制度，财政收入的监督主要侧重于对执收单位的检查，分成收入的制约机制在一定程度上成为真空地带。同时，由于分成收入是由当地财政部门按照执收数和分成比例计算出来的，而目前上下级财政之间实行的是资金和票据的分级管理，上级财政部门对下级的执收收入和票据使用情况并不清楚，上下级财政间缺乏较完善的信息交流平台，因而上级财政无法掌握分成项目的执收收入是否准确真实、结算是否正确等相关信息。上下级财政之间存在的信息不对称，导致上级财政对分成收入的收取和监管均处于弱势状态。