二是借款企业经营机制不健全，经营管理不善，缺乏市场观念、竞争意识、健全机制和发展能力，形成高负债、低效益、软约束、超分配的局面，致使企业经营困难，甚至倒闭。（这在以前的“五小”企业和部分民营企业中表现相当突出）。给信用社贷款造成损失，形成不良贷款。
三是借款人通过企业改制，将信用社的贷款“一改了之”。随着我国国有企业改革深入和市场经济体制的完善，企业间的兼并、收购以及企业改制成为一种普遍现象，有的企业通过上述行为盘活了资产、扭亏为盈，重新获得生机。与此同时，部分经营正常的企业，也借兼并、破产、重组、改制之机“逃债”、“废债”、“悬空”信用社债权。大量的信贷资产在企业改制中打了水飘，成了企业改制的牺牲品。
四是借款人遭受不可抗拒因素影响，致使贷款形成不良贷款。各种自然灾害，如地震的出现，山洪的暴发，飓风的骤起，久旱无雨、农作物遭病虫害侵袭等。由于我国农业的基础较薄弱，农业耕作的机械化程度相对较低，农民抗御自然灾害风险能力较低，大多数地方存在靠天吃饭这种情形，这增加了涉农贷款收回的不确定性和贷款的风险性。一旦遇到自然灾害，农作物减产，农业欠收，直接影响农民收入，影响贷款的归还。
（三）、其它方面的原因主要来自以下几个方面：
一是政策因素。由于宏观经济政策缺乏连续性，经济波动的频率高、幅度大，使信贷扩张和收缩的压力相当大，在宏观紧缩、经济调整时期，往往形成大量贷款沉淀。
二是行政干预因素。主要表现为地方政府压，地方财政挤，迫使农村信用社发放大量指使性贷款、救济贷款，贷款行为行政化，信贷资金财政化，直接削弱了贷款产生经济效益的基础。特别是1999年关闭农村合作基金会，政府为保社会稳定，将农村合作基金会的借款划转给农村信用社，其中有90%以上的借款难以收回，形成不良贷款。据了解，各地政府及部门在农村信用社都不同程度存在借贷业务，部分政府借款虽已逾期多年，却不能苦”，根据不同的贷款对象，根据不同的情况采取责任清收、跟踪清收、行政清收、依法清收等针对性措施，创造性开展工作，提高清收不良贷款的成效。
1、实行贷款清收责任制，实行岗位清收。主要依靠自身的力量，把清收指标落实到人，并纳入主任、信贷人员的年度工作目标和业绩考核，与经济利益挂钩，按月考核。
2、委托清收。将适合于非金融系统外人员清收的贷款委托他们，并给予适当的报酬。
3、清收担保、抵押贷款。对有担保的不良贷款，要做好担保单位的工作，由其予以偿还。对抵押贷款要通过法律程序予以执行。
4、专项清收。对那些问题严重，欠款时间较长，收回难度大的大额不良贷款，可组织专门人员进行专项清收。
5、通过“拍卖”方式，盘活清收。拍卖由市、县联社成立的不良贷款经营部负责。采取公平竞争，出榜公布，公开拍卖，就高不就低的原则。
6、行使抵销权。若农村信用社与借款人之间互负有到期债务，该债务的标的物种类、品质相同，农村信用社可根据《合同法》第99条的规定，将自己的债务与对方的债务抵销，但依照法律规定或者按照合同性质不得抵销的除外。农村信用社在主张抵销时应当通知对方，通知自到达对方时生效，抵销不得附条件或附期限。
7、行使代为权清收。当借款人无力履行债务，同时借款人享有的债权却怠于行使，致使农村信用社的到期债权不能实现的，农村信用社可以根据《最高人民法院关于〈合同法〉司法解释》第一部分第11条向人民法院请求以自己的名义代为行使债务人的债权。
8、行使撤销权清收。如发生债务人放弃到期债权，无偿转让财产，以明显不合理的低价转让财产等情况，致使农村信用社的到期债权不能实现的，农村信用社可以请求人民法院撤销债务人的以上行为。撤销权自农村信用社知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使。