2002年下半年，随着以建立“耳聪目明”的智能型海关为目标的现代海关第二步发展战略的实施，业务改革以及伴随而来的通关业务系统的转型换代、风险管理平台的建立等等，对海关信息系统建设及安全运行提出了更高的要求。为此，林纯忠同志根据海关总署和我关的部署，先后组织完成了汕头海关信息系统安全体系的建设；组织完成了《汕头海关网络安全扩容改造方案》的撰写、关区计算机网络系统的扩容改造和三网分离工作，组织完成了《汕头海关网络与信息安全应急预案》的撰写、技术演练工作；组织完成新办公大楼机房建设、电子信息系统无故障迁移和大楼搬迁期间技术支持保障工作；组织完成H2000工程平台搭建、大量设备安装和切换技术保障工作，确保了我关H2000工程的顺利上马等。此外，还组织全科做好关区电子信息系统日常运行管理工作，确保系统长时间无故障运行，为汕头海关电子信息系统的建设和安全运行做出了突出贡献。
三、不畏艰难勇挑重担
汕头海关地处粤东地区，跨越汕头市、汕尾市、潮州市、揭阳市和梅州市，属多雷暴地区，设备因雷击损坏情况时有发生，特别是最近几年，情况更加严重，计算机系统、通讯系统均先后不同程度受雷击影响而出现故障或设备损坏，给我关业务工作造成一定影响，对此，97年7月，关党组决定成立以林纯忠同志为组长的关防雷工程小组，负责实施我关办公大楼综合防雷工程。在防雷资料严重缺乏、无任何借鉴、对综合防雷了解不足、时间紧、任务重等种种困难面前，林纯忠同志没有畏缩，他带领小组的同志们找来大楼竣工图、防雷规范、防雷工程技术等资料，走出去到建筑设计院等有关单位搞调研，虚心向大学及气象部门等防雷专家请教，加班加点，在一个半月内，组织完成对办公大楼综合防雷工程方案的比较和初定并参与完成方案的选择和审定，随后，又组织完成办公大楼综合防雷工程的实施，在他和小组的同志们共同努力下，工程于98年4月初提前竣工并顺利通过省市防雷中心的验收。在完成汕头海关办公大楼综合防雷工程后，根据关防雷的工作部署，林纯忠同志又不辞辛苦，先后组织完成了陆丰办事处等17个分关、办事处的防雷工程。这些工程由于采用的技术先进实用，工程设计合理，防雷等级高，因此防雷效果非常显著，明显改善了我关设备工作环境，大大提高了我关计算机系统、通信系统的安全性和可靠性，在保护我关设备的安全，确保我关各项工作的顺利进行方面，取得了显著的社会效益。在此项工作中，林纯忠同志不仅认真做好工程实施的各项组织工作，而且带头刻苦钻研有关防雷工程技术知识，不断进行工作总结，独立撰写了《汕头海关办公大楼防雷分析及对策》论文一篇，受到总署有关专家的好评并入选海关系统专业技术职称评审《优秀论文集》。
原运行及网络科是我关职能部门中员工最多的科室，全科共有干部17人，承担我关电子信息系统机房及机房设备、计算机系统设备、覆盖粤东五市的关区网络和计算机前台设备的运行管理和日常维护工作，工作任务繁重，尤其是2003年，该科还负责网络安全扩容工程、新大楼机房建设和搬迁、H2000工程平台的搭建、大量设备的安装和切换技术保障、风险管理平台的搭建、阳光海关工程技术支持等多项重要工作。在如此繁重的工作任务面前，林纯忠同志毫无惧色、镇定自若、迎难而上，他一方面紧紧依靠上级的正确领导和支持，团结党员干部和业务骨干，以整顿教育活动、实行关衔制度为契机，加强科的队伍建设，狠抓规章制度的落实，时刻关注员工的思想动态，开展谈心活动，及时化解矛盾，关心员工疾苦，努力搞好科班子团结，不断增强科集体的凝聚力和战斗力。另一方面，针对任务多、工作量大、实时性要求高的特殊情况，林纯忠同志认真做好组织和落实工作，他多次召集科领导和业务骨干开会讨论，明确科班子的分工，对各项任务按轻重缓急进行合理安排，并组织科的业务骨干分别负责，在各项工作的组织实施过程中，林纯忠同志特别注重督促检查、落实和请示汇报，并根据实际情况及时做好本科人员调配和协调工作。由于方法科学、安排得当，该科在人员多、任务重、压力大的情况下，工作忙而不乱、有条不紊，出色完成全年各项工作任务。