第三阶段：督查处理（2006年7月至10月）。建设系统各单位要组织专班，加强督导，深入重点企事业单位和关键部门搞好督办，及时发现和纠正工作中存在的问题。一要组织力量排查线索，要根据自查阶段的发现和群众举报的线索，严肃查处一批商业贿赂案件。要公布举报电话、举报信箱，动员群众，鼓励企业内部人员和同类企业举报投诉商业贿赂问题；要注意保护投诉举报人，对投诉举报有功人员依照规定给予奖励。二要正确把握政策和遵纪守法，严格依纪依法办事。要坚持宽严相济，对主动交代问题并积极退赃的，依法依纪从轻、减轻或免予处罚；对拒不自查自纠、弄虚作假、掩盖问题的单位和个人，以及性质恶劣、情节严重，涉案范围广、影响面大的商业贿赂案件，一经发现，要依法从严查处，坚决纠正和防止对商业贿赂案件查处失之于宽、失之于软和以罚代纪、以罚代刑的问题。三要建立情况通报制度。 各单位对掌握的案件线索要及时向主管部门和上级纪检监察部门报告，加强协调配合和沟通联系，形成治理商业贿赂案件的合力。
第四阶段：整改规范（2006年11月至2007年3月）。建设系统各单位要认真查找监管中的薄弱环节和漏洞，制定切实可行的整改措施，抓好落实。一是完善企业自律机制。强化各企事业单位的内部管理，加强对经营管理和财务等重点部位人员的监管，加强对生产经营、采购销售等重点环节的监督，发现问题及时纠正。二是强化监管措施。各单位要加强对行业内经营行为的引导和约束，加大对不正当竞争、非法经营等行为的打击力度，提高监管的实效。要依法规范资质资格的审批管理，严格市场准入制度。对国有资产，要坚持管人、管事、管资产相结合，加强对企业领导人员的教育、管理和监督，定期对企业经营活动实行监督检查，严格对企业营销费用的监管。三是完善和健全相关制度。重点制定和完善各项内部管理制度。继续完善并严格执行城乡规划、资质资格管理、市政公用事业、房地产交易与房屋权属登记、城镇房屋拆迁等公开办事制度，减少和规范行政许可，推进依法行政和政务公开；完善房屋、市政基础设施工程管理和招投标制度，充分发挥有形建筑市场作用，通过制度建设，规范市场各方主体行为，创造公平竞争的市场环境，推进建筑市场健康有序的发展。
四、工作要求
1、要提高认识，统一思想，增强治理商业贿赂工作的责任感和紧迫感
治理商业贿赂专项工作涉及面广，政策性强，任务艰巨。建设系统各单位要针对实际，组织干部职工认真学习胡锦涛、温家宝等中央领导同志关于治理商业贿赂的重要讲话和中央、省、市关于治理商业贿赂工作会议精神，进一步提高认识，统一思想，充分认清建设系统治理商业贿赂工作的复杂性、艰巨性和紧迫性，增强做好治理商业贿赂工作的责任感和使命感，按照中央、省、市的统一部署和安排，突出重点，强化责任，切实把治理商业贿赂专项工作抓紧抓实抓出成效。
2、要加强领导，强化责任，严格责任追究。建设系统各单位要抓紧建立领导机构、工作机构，落实工作人员和工作责任。要按照省、市的统一安排，抓紧制定体现本部门实际、内容具体、重点突出、政策明确、操作性强的实施方案。各单位“一把手”是第一责任人要亲自抓，分管领导要具体抓。要定期报告工作进展情况，发现大案要案要及时报告。要及时总结并推广经验，对措施不到位、工作不得力、造成不良后果的，要按照“谁主管、谁负责”的原则和党风廉政建设责任制的要求，追究相关领导的责任。
3、要坚持边查边改，强化措施，狠抓落实。
建设系统产生商业贿赂，既有企事业单位经营指导思想不端正、行为不规范、内控机制不健全的问题，也有行政机关权力运行缺乏制约、体制机制不健全、监管不到位等问题。开展治理商业贿赂工作，就要针对这些问题，坚持边查边改，对每个阶段、每一环节严格把关。坚持时间服从质量，进度服从效果，不管哪个单位，哪个环节达不到要求的，都要重来，要确保治理工作不走过场。各单位从治理工作一开始，就要对照省、市的要求，紧密联系实际，把集中解决突出问题与经营性工作结合起来，确保工作质量。