2010年南水北调工程的指导思想是，以科学发展观为指导，认真贯彻中央经济工作会议精神和建委会第四次全体会议精神，切实落实各项工作部署，把保证工程质量和加快工程建设放在突出位置，进一步加强前期工作，着力提高初步设计工作的质量和效率，有效控制工程投资；进一步加强工程建设管理，着力提高工程管理水平和处置应急问题的能力；进一步做好征地移民工作，着力构建安定团结的社会氛围和无障碍施工环境，保证社会和谐稳定；进一步深化东线治污及中线水源地保护，着力巩固和发展已经取得的治污环保成果，保证水质安全；进一步加强资金管理，突出廉政建设，着力保证工程安全、资金安全、干部安全，建设一流工程、廉洁工程、惠民工程。
关于2010年南水北调工作的主要任务：设计审查及投资计划方面，加快初步设计审查审批，争取2010年上半年完成所有剩余主体工程的初步设计和审批工作，为工程全面提速创造条件。2010年计划安排投资480亿元，是前7年工程投资的总和。要加大投资计划执行力度，做好计划分解，加强计划落实，保证计划目标实现。工程开工及在建工程建设方面，按照建委会第四次全体会议要求，东、中线一期工程除个别河湖疏浚等工程外，未开工的主体工程在2010年全部开工建设。所有在建工程质量满足设计要求，不出现重大质量、安全事故，不出现挤占挪用资金现象。保证已建工程的运行安全和效益发挥。干线搬迁及丹江口库区移民方面，全力做好丹江口库区移民工作，完成库区移民14.1万人（河南省6.1万人，湖北省8万人）。加快干线土地移交及专项设施迁建，着力构建良好的建设环境。东线治污及中线水源地保护方面，东线治污规划项目426个全部完成并发挥效益，截污导流项目除个别项目外年底前全部建成，治污理念由工程治理为主向加强生态建设、实行综合治理转变，实现水质稳定达标。中线水源保护，协调做好《丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划》修编工作，协调加快《丹江口库区及上游经济社会发展规划》编制工作，促进水源区经济社会发展和生态环境保护。资金管理及廉政建设方面，加大南水北调工程基金的征缴力度，努力完成2010年32.9亿的征缴计划。加强资金监督管理，进一步强化监督稽察和廉政建设，构建教育、预防、惩治相结合的预防和惩治腐败体系，把工程建成高效工程、节俭工程、廉洁工程。
围绕2010年工作部署，南水北调全体建设者要统一思想，振奋精神，团结协作，开拓奋进，确保建委会第四次全体会议精神落到实处，努力形成工程全线开工、协调推进的良好局面。一是精心组织，认真审查，进一步提高工程设计质量。在加快设计进度的同时，进一步提高设计质量，有效控制工程投资。通过加强设计工作，促进南水北调工程有序开工和顺利建设。二是规范有序，科学严谨，进一步提高建设管理水平。进一步增强工程建设的紧迫感，切实提高工程建设管理、质量管理、安全管理、投资控制和已建工程运行管理水平。要确保工程质量安全和施工安全，实施有效监督，不给工程留隐患，不给后代留遗憾。三是以人为本，积极稳妥，进一步做好征地移民工作。充分认识稳定对于工程建设和国民经济大局的重要意义，在保证社会稳定的前提下，加快征地移民工作进度，加大施工环境保障力度。切实做好征地移民规划，提高规划的针对性、严密性和可操作性。认真总结移民试点的经验和教训，充分发挥社会主义制度优势、党的领导组织优势、政治思想工作优势，统筹兼顾，协调推进，确保移民搬得出、稳得住并能发展致富。四是落实责任，综合治理，进一步加强水污染治理及水源地保护。治污环保是关系工程成败的关键，要坚持“三先三后”原则，把节水、治污和生态环境保护放在更加突出的位置。要加强治污环保能力建设，保证一渠清水顺利北送。五是规范管理，加强监督，进一步提高资金使用效益，保证资金安全。要在保证资金供应满足工程建设需求的同时，更要强化资金监管，确保资金高效、安全使用。六是振奋精神，提高素质，进一步加强队伍建设。要继续坚持工程建设与队伍建设“两手抓”，锻炼出一支政治坚定、作风正派、业务扎实、乐于奉献的工程建设队伍，以队伍建设的丰硕成果保障南水北调工程的顺利进行。