1、单个窗口单一纳税人业务受理时间延长。由于“涉服务窗口”实行一窗多能，原来仅受理纳税申报一笔业务的处理时间是可控的，但在“一窗式”服务模式下，纳税人同时要办理的业务数量是无法控制，导致纳税人在办理单一涉税事项时，受理时间延长。尤其在8-9日申报高峰期，极易造成排队现象。
2、与银行对帐容易出现差错。实施“一窗式”服务，每个“涉税服务窗口”都单独开据工本费收据，只要任何一个窗口出现工本费开具错误或其它疏忽，都会出现当天与银行对帐出错的情况。
3、由于管理分局、纳税人的原因影响窗口及时出件。由于承办人员疏忽或纳税人不配合偶尔出现窗口不及时出件的现象。
4、发票事后监督不及时到位易造成征管漏洞。由于发票管理由事前管理改为事后监督，一旦超定额使用发票的“双定户”不据实申报纳税，管理分局的事后检查又未及时跟上，极易出现造成由于信息衔接不畅而导致的征管漏洞。
三、“一窗式”服务的改进措施
1、积极推行多元化申报服务。通过推行以电子报税为主体的多元化申报体系，从而将上门办理涉税业务的人流量降至最低，从而缓解单个窗口单一纳税人业务受理时间延长的问题。
2、启用“叫号”系统。通过启用“叫号”系统，将人工排队转化为机器排队，纳税人在领取流水排队号后，可在座椅上休息、等侯，如果他分为领到的号比较靠后，他也可以先去处理其它事情，从而有效解决征期高峰的排队现象。
3、加强内部监督管理。一方面，可设立“涉税事项办理提醒”模块，对办结时限前一天的涉税事项用蓝定显示，对已超期未办结的用红字提醒，从而对具体承办人员起预警作用；另一方面对窗口人员、承办人员疏忽造成与银行对帐出错或窗口不及时出件等现象，因严格按照“一窗式”服务考核办法及机关效能建设的有关规定进行处罚，严格过错追究制和效能考核制。
4、发票管理事后监督应及时到位。户管员应在2个月内对所有领票单位进行检查，检查面达到100%，检查重点包括发票超定额使用是否申报纳税，发票使用是否存在违章现象等。对于超定额使用发票超过20%以上（含20%）的，按偷税进行严厉处罚，对于发票违章使用的按《发票管理办法》进行相应处罚。