3、震后农村房屋及土地使用权问题
此次地震对农村房屋及土地使用权的影响在于：一是原有房屋或土地损毁，原宅基地或承包地遭到毁灭性破坏（如房屋或土地被泥石流掩埋），不能在原地恢复房屋或承包地使用权；二是由于地震而使房屋、土地移位，一些土地消失，而另一些新生地出现，这些情况都会造成原有房屋或土地的使用权产生混乱。在成都一些已经对土地和房屋使用权进行确权登记的城乡统筹综合配套改革实验区而言，这种土地使用权的混乱情况可能影响农村土地产权改革的推进。因此，在灾后重建中，重新确定农村房屋及土地使用权将是一项艰巨的工作。而在一些相邻的村舍之间，可能还存在土地所有权的归属争议问题。这些问题都是农村灾后重建中必须着力解决的问题。
4、农业产业恢复重建问题
土地使用权纠纷问题的解决是农业产业恢复的前提，但是，如果仅仅满足于在明确土地使用权基础上对过去农村传统种养殖业的恢复对灾区重建来讲则标准太低。阻碍农村经济社会进一步发展和农民增收的主要制约因素在于过去农村单家独户分散的小农经济生产方式。要实现农村经济的发展和农民的持续增收，就必须改变分散经营的农村生产方式。因此，应该以震后农村土地使用权的重新确定为契机，为农村土地使用权的集中集约使用构建新的体制机制，通过建立新型集体经济组织，广泛利用社会对灾区农村产业重建的资金技术等支持，通过农村土地与社会资本的结合，采取建立农村经济合作组织、公司+农户等多种土地生产经营方式，实现灾区农村生产方式的转变，为农村产业的恢复重建拓展广阔的空间。
5、农村劳动力不足的问题
改革开放以来，四川一直是农村劳动力转移的大省，灾前，虽然农村中留守的多为老人、妇女和儿童，但适应于小块土地的生产经营，农村劳动力不足的问题并不十分突出。此次震灾，一方面夺去了一些农村青壮年劳动力的生命，两一方面，繁重的灾后重建工作也需要大量的农村劳动力的参与，这两种情况可能将使灾区在灾后重建中出现劳动力短缺的问题。这种情况也可能会促使一些外地打工者回到家乡参加重建，但这会对已经开始出现民工荒的一些东部地区的经济产生影响，并且在广东等地已经出现了一些工厂采取各种措施慰留灾区籍职工的情况。在全国都在倾力支援四川灾区的情况下，四川灾区重建不能采取这种方式解决农村劳动力动力短缺的问题，并且出于比较利益的考虑，这种方式也是不可取的。而要解决农村灾后重建劳动力短缺的问题，还必须在城乡统筹下，通过城市对农村灾后重建的大力支持，通过大力提高农村重建工作的装备技术水平和劳动效率来实现。
6、个人、集体财产的损毁估价及补偿问题
在此次地震灾害的重灾区，农村个人及集体财产均出现了较大程度的损失，如果不能得到及时的补偿，灾区的经济社会水平将发生严重的倒退，农村个人及集体的经济自我发展能力将受到极大的损害。在我国社会主义制度下，灾区会得到国家以及社会各界的全力救助。但在如此大范围、大规模的灾害损失面前，采取何种救助方式对个人及集体财产进行补偿仍然是一个全新的课题。由于灾前个人及集体资产情况各异，且受灾后一些财产证据也发生灭失，因此采取逐一的财产损失认定和补偿可能会有较大困难，并且会引起较大的纠纷。我们认为，对个人与集体财产损失的补偿应该采取“向前看”的原则，以恢复个人与集体的经济发展能力为重点，为个人及集体在今后的生产生活中的财富创造和积累能力的获得创造条件，而不能斤斤计较于灾害中的过去财产的损失，即在人人均等的灾害面前，应该认为个人和集体过去财产的损失是均等的，个人和集体创造未来财富的机会条件也应该是均等的。
7、无主土地及房屋的处置问题
此次强烈的地震灾害，必然会在农村造成一些全家遇难的情况，会出现一些无主的土地或房屋，这些土地或房屋使用权是否可以允许同村亲属继承（特别是对于已经确权登记的土地或房屋而言）、是否应该收归集体，收归集体后如何分配等问题，有可能会成为农村灾后重建中的一个矛盾焦点，如果对于这些无主土地或房屋的归属处置不当，就有可能会在灾区农村造成社会矛盾，影响灾后重建工作的顺利开展。解决这个问题的最终办法还在于尊重村民的自治权利，对这些无主土地或房屋的处置应该交由村民大会讨论决定。这是避免此类矛盾的根本办法。