在探索实行联合办理税务登记的过程中，许许多多的新情况、新问题不断出现，一个问题得不到及时解决，联合办证工作就无法进行。由于两家税务机关在机构设置、部门职责设定、文书格式以及税收信息化程度等诸多方面都存在着差异，给联合办证工作带来了很大的困难。为解决国地税税务登记表内容格式不尽相同，不可通用的问题，我们综合双方的税务登记表，重新设置了涵盖双方相关登记事项的通用税务登记表，并对纳税人办理税务登记应提供的证件资料，在保证采集信息齐全的前提下进行压缩和整合。针对地税基层所没有办理税务登记的权限，与国税基层所权限不对等的情况，经过磋商，促成地税部门将办理税务登记的权限由县局征管科下放到基层所。由于国税信息化程度较高，登记受理审批可以直接在网上进行文书传递，而地税部门的登记审批则需将纸质文书传递到县局征管科，不能适应一家受理、当场办结的需要，经协商，地税部门改为基层所受理后，电话请示县局征管科批准，事后补办审批手续。虽然类似的情况还有很多，但两家税务机关由于认识上高度统一，及时进行沟通协商，有针对性地在政策允许的范围内进行适当变通调整，达到工作流程上的直辖市一致，使各类问题都能及时有效地得到了解决，从而保证了联合办理税务登记工作的顺利开展。
四、科学统筹 规范动作
联合办理税务登记的根本目的在于加强税收征管，提高工作效率，优化纳税服务，降低办税成本，促进信息共享。为实现这一目标，我们从一开始就对整个工作 进行了系统的规划和周密的安排。一是为联合办证配备了工作认真、业务较强的人员充实到办证窗口，两家联合对双方相关业务人员进行了系统的联合办证的业务操作培训，使他们提高了思想认识，熟练掌握了联合办理税务登记的相关工作规范和遇到各种情况的应急处理办法，为联合办理税务登记提供了充分的人力保证。二是统一证件，执行统一的税务登记赋码规则，使用统一的税务登记代码，实行“一证两章”，保证税务登记证件合法通用。为适应我县的具体情况，我们两家协商分别在对方办证网点预留一定数量加盖好双方“税务登记专用章”的空白登记证件，每日互相通报一次空白证件的使用和存留情况，保证了税务登记证件的及时充足供应，简化了办事程序，提高了工作效率。三是统一收费，联合办理税务登记证件的工本费只由受理的一方税务机关收取，另一方不再收费，为纳税人节约了一半的办证费用。四是统一处罚，对纳税人逾期输税务登记的处罚，根据“一事不再罚”的原则，国地税一方已对纳税人进行处罚的，另一方不再就同一问题进行处罚，消除了联合办理税务登记前两家各自为政，分别执法执罚的矛盾。五是实现信息的及时传递，对等共享。两家每日交换一次联合办理税务登记的信息，及时将对方受理登记的资料录入微机，保证了同一纳税人国地税登记信息的基本同步。
国地税联合办理税务登记，打破了以前两部门间相互封闭的“信息孤岛”，增进了相互间的沟通与协作，双方管理人员联手加强对各责任区的实地巡查，信息共享，优势互补，产生了征管力量的倍增效应，有力地促进了征管质量和工作效率的提高；创新了传统的部门服务模式，提高了数据信息的集中度，丰富了“一窗式”服务的内涵，提升了税收服务的层次和水平。联合办理税务登记实质上是一家办证，双方认可，合法有效，促进了税务登记管理的标准化、规范化，同时简化了办税程序，节约了办税成本，提高了工作效能，实现了真正意义上的“一站式”优质服务，改变了原来纳税人办理税务登记必须向国税、地税机关提交同样资料，分别办理、分别交费的烦琐，节约了纳税人的时间和费用，极大地促进了征纳关系的改善，从而达到了税务机关和纳税人的双赢。