（四）卷烟销售环节上的体外循环。在80年代末至90年代中期，一是少数烟厂从本位主义出发，通过省外贩烟大户将香烟销售到省外（在地方专卖控制下，当地烟草公司根本打不进去），户头开的是省外某某烟草公司，实际上是卖大户，向省外贩烟大户或省外卷烟自由批发市场整车提供货源；二是有不少销区公司在省外烟厂执行合同计划时，所购香烟不进自家仓库，而是就地下蛋或异地下蛋，卖单子、两头在外，收取卷烟购销差价款，甚至有极少数市、县公司专门给省外毗邻供销社或贩烟大户提供帐户，每车香烟按一定差价收取过户费。这类现象的存在，不少厂家心知肚明，但只要有利于把本厂卷烟推向省外市场，与销区公司心照不宣，配合默契。江南某些市、县公司经理在回忆这段历史时曾自嘲过：“没有当年胡乱搞，哪有现在的形势好。”卷烟销售体外循环，其病灶是从内部向外部延伸和侵蚀，在专卖管理上危害性最大。
（五）违价销售与烟厂补亏。从90年代初期开始，为维护正常的卷烟销售秩序，各省烟草公司在下伸分销处网建工作的同时，都先后出台了本省烟草企业统一执行卷烟三级最低批发限价的规定，但众多市、县公司在执行过程中难度很大，一是非法卷烟市场的存在，直接冲击烟草企业的最低批发限价；二是少数烟厂从本位主义出发，以扩大本厂卷烟品牌在市场上的销售份额，对销区公司让利补亏，助长了不少销区公司违背三级最低批发限价销售卷烟，其降价损失按季或到年终找烟厂算回头帐补回来，这也是烟草行业在特定的历史时期由其自身给专卖管理出了一道难题。
（六）在卷烟零售环节上，专卖部门管理怕越位，工商部门管理不到位。《烟草专卖法》第35条明文规定：“无烟草专卖零售许可证经营烟草制品零售业务的，由工商行政管理部门责令停止经营烟草制品零售业务，没收违法所得，并处罚款。”但在实际运行中，工商部门管理很难到位，无烟草零售许可证经营香烟，城乡市场屡见不鲜，屡禁不止，烟草专卖管理法律依据不全，在行为上又怕越位，无证经营既是假冒卷烟和非法流入卷烟的首选下水道，又是对《烟草专卖法》的轻视和对有证经营的伤害，在专卖管理上处于两难状况。
曾经沧海难为水，谁说刘项不读书。
从98年开始，国家局加大了专卖管理的卷烟调控力度，积极商请国家工商行政管理局，就整顿规范卷烟市场形成共识，并于98年8月12日以工商市字（1998）第174号文件联合下发《关于整顿卷烟交易市场秩序、严厉打击卷烟走私贩私活动的通知》。其中在整顿目标中，第一条就是取缔非法设立的卷烟交易市场，各级烟草专卖部门积极争取地方政府的支持，与工商、公安等部门密切配合，出重拳，依法逐一关闭各地非法卷烟交易市场，为烟草的规范经营、专卖管理疏理了一个良好的外部市场环境。
2000年初，国家局党组提出了“狠抓基础、稳中求进”的指导思想和“一要规范、二要改革、三要创新”的工作重点，把规范放在工作重点的首位。在烟草工业环节上，对年生产能力10万箱的烟厂实行关停并转，并严格规定行业内各家烟厂必须按国家下达的计划指标生产，杜绝超产、瞒产。在商业环节上，严格执行“谁发证、谁供货、谁管理”，对零售户核量供应，杜绝卖大户现象。同时，各省级烟草公司重新出台了卷烟三级批发最低限价，稳定了卷烟市场的经营秩序。
2003年3月10日，国家局召开了全国烟草行业电视电话会议，国家局党组成员、纪检组长葛祥久宣传了国家局《关于进一步整顿规范卷烟生产经营秩序的五条纪律》，其中第五条明确规定：“卷烟工商企业不得违反有关烟草专卖法规，以任何理由向非正常渠道供货、搞体外循环，违者，一经查实，视情节轻重分别给予企业领导和有关责任人记过、记大过、降级、撤职、留用察看直至开除的处分。”国家局五条禁令的出台，标本兼治，重在治本，从烟草行业内部为专卖管理铺平了道路。