第一，通过系统的理论研究，创立一套科学的、符合中国国情的司法改革理论。这是司法改革的基础。没有多数人思想观念上的转变，司法改革必然会遇到传统观念和理论以及既有司法体制的阻碍；离开了理论对司法改革的指导，衡量司法制度合理与否的具体标准便无法界定。这些年来，我国的司法改革在形式上可谓轰轰烈烈，似乎随着党的十五大、十六大报告对司法改革的提出及要求，司法改革的任务就自然而然实现了。而对究竟为什么进行司法改革、改革的目标、改革的整体设计和基本方案、改革应遵循的原则、改革方案实施的方法步骤等一系列重大问题，缺乏深入、系统、全面的理论研究。已有的研究成果也多不同程度地带有功利性、片面性或盲目性等局限。可以说，我国司法改革所出现的某些混乱甚至违法，与司法改革缺乏统一规划、管理和协调不无关系。如果说，市场经济之初，司法改革的理论和设计尚不可能在瞬间作出适应经济基础需求的回应，以致司法改革不得不“摸着石头过河”，是因为相对于经济基础的变化，司法具有相对独立性的话。那么，在社会转型和司法改革若干年后的今天，司法改革的理论仍然滞后于改革实践的情况是无论如何也不应该的。在理论研究的问题上，尤其要重视调查研究的方法。这方面，国外诸多成功的司法改革为我们提供了经验。以英国民事司法改革方案的设计为例，由沃尔夫勋爵领导的专家队伍在大量的调查研究工作基础上，将几乎所有民事司法制度中的问题用统计数字的形式予以证实和说明， [1]与之相比，我们只能自叹不如。
第二，在司法系统的改革中，将司法体制作为改革的核心。形式上看，司法改革所解决的是司法机关的组织、制度等问题。但从造成司法不公的原因看，除了司法机关的问题外，还涉及到社会的多个领域，其中最主要的是司法体制。我国现行的司法体制是在计划经济和高度行政集权的背景下建立的，其设计的基本理念存在许多误区。现实中许多司法不公的现象都是体制性的原因所致。因此，司法改革除要求改革的具体内容适应经济基础的发展并与其他上层建筑相协调外，关键是从司法体制的改革入手。
第三，认真总结这些年司法改革的经验和教训，以资后续整体的司法改革借鉴。司法改革本应是全社会的事情。但迄今为止，我们所看到的主要是以司法机关为主的自身改革。结果是司法机关各自为政，限制对方而扩充自身的权力，以致引发摩擦，形成内耗；并把司法改革作为进行权力交易的平台； [2]甚至借口司法改革进行政治炒作。而对司法的体制等关键问题没有触动。我们必须认识到，司法改革不是任何部门或地方的专利，改革也不应仅仅着眼于一项或几项制度，忽视制度间的相互衔接，更不应将本来有联系的制度有意无意地割裂开来，依据自己的好恶决定是否改革。司法改革发展到今天，从整体上对司法进行改革已迫在眉睫。司法改革必须从国家的整体利益出发，坚持局部服从整体、地方服从国家的原则，按国家司法改革的总体规划有计划地积极稳妥地推进。否则，就会造成新的不协调。
三、坚持司法改革依法进行的原则
维护法律的尊严，既是司法改革追求的价值，也是司法改革必须遵循的原则。在党提出依法执政，建设法治国家的今天尤其如此。司法本是一种对既有法律的适用，它要求司法的整个过程必须严格遵守法定的程序，并应用实体法解决冲突。这也就决定了对规范司法活动的司法改革更应纳入到法定的框架内，从法律上为司法改革提供保障和平台，使既定的司法改革制度和法律不因领导人的改变而改变，不因领导人的看法和注意力的改变而改变。同时也避免包括司法改革主体在内的任何组织在司法改革上的随意性。因此，强调司法改革依法进行在今天就更具意义。为此，首先要从理论上对那些类似于“改革无禁区”等似是而非的理论予以澄清。对那些以司法改革为由而置国家法制统一于不顾，我行我素的观念和宣传应认真进行反省。其次，司法改革的每一步，从程序到实体，都必须依法进行。司法改革应先对现行不科学的法律予以修改，并充实适应社会发展需要的新内容，使改革有法可依。从这个意义上讲，司法改革首先应当是立法机关的立法活动。这些年来，司法改革中出现的司法机关从上到下出台的许多突破现行立法的规定，甚至与法治的本意相悖的改革措施， [3]应坚决叫停。同时，我们也应意识到，由此而造成的负面效应迟早会为我们自己所领教，我们应及早做好防范准备。再次，建立国家专门的司法改革机构。国外司法改革对此问题的解决主要采用了三种形式:一是由议会立法予以授权；二是成立专门的司法改革机构；三是由议会以修改法律的方式进行改革。根据我国的实际情况，应考虑在党的司法改革领导机构之外，尽快成立一个专门负责管理、组织、协调、咨询等工作的国家司法改革机构。在此基础上制定全国司法改革的方案和程序。在广泛征求社会各界意见的基础上，提交全国人大审议批准，然后再由国家司法改革的机构组织实施。