国防教育学研究方法论的建立必须以中国特色社会主义理论体系为根本指导思想，这是由国防教育实践的根本要求和国防教育学学科的性质决定的。
首先，中国的国防教育实践，是建设中国特色社会主义伟大实践的重要组成部分，必须为中国特色社会主义建设实践服务。因此，国防教育实践活动本身必须坚持马克思主义理论这一根本指导思想不动摇。而新中国建立后尤其是改革开放以来的中国特色社会主义伟大实践，在理论上与时俱进地发展了马克思主义理论，产生了中国特色社会主义理论体系。这一理论体系，既发展了马克思主义的世界观和方法论，也丰富和发展了马克思主义关于社会主义建设的理论，揭示了中国特色社会主义建设在各个领域中的特点与规律，包括中国特色国防教育的特点与规律。中国特色国防教育实践如果不遵循这些规律，就难以把国防教育实践真正融入到中国特色社会主义建设实践之中，难以有效服务于中国特色社会主义建设实践。而要进一步把中国特色国防教育实践的特点规律方面的认识上升为国防教育学学科理论体系，并以国防教育学学科理论体系和方法论来指导未来国防教育实践特点和规律的探索，无疑必须坚持中国特色社会主义理论体系这一根本指导思想，才能使中国特色国防教育学理论体系符合中国特色社会主义理论体系的根本要求，并成为中国特色社会主义理论体系的有机组成部分。
其次，中国特色国防教育学，是教育科学与军事科学相融合的交叉学科，国防教育学研究必须坚持中国特色社会主义理论体系作为根本的指导思想，实际上更加具体的要求就是要坚持以党的教育理论和党的军事指导理论为根本指导思想。因为党的教育理论和党的军事指导理论，实际上就是中国特色社会主义理论体系的“教育篇”和“军事篇”，如果脱离了党的教育理论和军事指导理论的指导，不遵循教育的基本经验与基本规律，不遵循军事科学理论揭示的基本经验和基本规律，国防教育学研究就会失去正确的方向，其方法论就难以指导国防教育工作者透过国防教育现象和活动看到国防教育的本质，难以去伪存真、去粗取精，客观而准确地研究和把握国防教育的发展变化并揭示其规律。
总之，中国特色的国防教育实践，必须坚持中国特色社会主义理论体系这一根本指导思想，这是由国防教育实践的根本要求决定的。而作为这一实践规律科学总结和升华的国防教育学，其研究的方法论的构建，也必须以中国特色社会主义理论体系为根本指导思想，坚持把马克思主义理论和军事学说、新时期党的教育理论和党的军事指导理论的科学观点、立场和方法贯彻到国防教育学学科研究方法论之中，这是由国防教育学的学科性质决定的。
综上所述，正处于创生期的国防教育学学科，其学科研究的方法论虽然还未完全形成，但必须以马克思主义哲学理论为基础，必须借鉴当代哲学群所提供的思维方式和方法，必须坚持中国特色社会主义理论体系的根本指导思想，才可能使国防教育学学科研究方法论真正建立在科学的世界观和方法论基础之上，逐步提炼和形成具有中国特色的国防教育学研究方法论。
二、关于国防教育学研究的一般方法
与其他任何学科一样，国防教育学也有自己独特的一般研究方法。国防教育学研究的一般方法，是按照某种途径，有组织、有计划、有系统地进行国防教育研究和构建国防教育学学科理论的方式，是以国防教育现象和实践过程为对象，以科学方法为手段，遵循一定的研究程序，以获得国防教育科学规律性知识为目标的一整套系统研究过程。国防教育学研究的一般方法，在国防教育学学科研究方法体系中居于中间层次，既受国防教育学研究方法论的指导，又对国防教育学研究过程中运用的各种具体方法有指导作用。
由于国防教育学研究区别于教育学、军事学等学科研究而具有自身的特点，如：针对性、实践性较强；研究周期较长；带有极强的综合性和整体性；有国防教育实践工作者、国防教育科研工作者和全民的参与，具有广泛的群众性，等等。因而，国防教育学学科研究一般方法体系的建构，除了必须建立在当代科学研究一般方法基础之上，还应着重把握以下问题。
（一）国防教育学研究必须运用教育学研究的一般方法
国防教育学主要是教育学与军事科学交叉融合的学科，学科归属于教育学学科门类，因而国防教育学研究的一般方法，首先必须科学运用教育学研究的一般方法，以教育学研究的一般方法为基本的研究手段。
我国对教育科学研究的一般方法进行了长期的探索，存在不同的認识。如有的学者认为：“任何一类研究都需要综合运用思维工具、技术工具和符号工具，都要有一套从发现问题到检验结论正确性所具备的顺序规范，以保证认识、研究活动的有效展开。这些工具、程序、规范的特定结构性组合，可称为‘研究范式’。”教育学研究的一般科学方法，“它细分起来，可分为两层：一层是以系统科学为代表的横断科学所采用的系统方法；另一层是以对象性质、所属类别做区别的自然科学方法、社会科学方法与科学学方法等。”根据教育科学研究的范式，可以将教育科学研究方法分为量的研究和质的研究两种类型。量的研究即定量研究，有一套完备的操作技术，包括抽样方法、资料收集方法、数字统计方法等。质的研究即定性研究，研究的思路主要是一种归纳的方法；而根据对条件控制的严密程度，则可以将教育科学研究方法分为理性研究法和自然研究法两大类型。理性研究法以实验法最为典型，它的主要特点是要求严格控制研究过程的各种条件，分解研究对象，利用各种技术手段对研究对象做出定性和定量的分析，得出客观、准确、反映必然性的结论。自然研究法则强调在自然条件下，在环境与人的相互作用中，从整体上把握对象。
有的教育学研究著作对教育学研究的一般方法从不同的角度进行了系统梳理和分类，例如：从科学原理上可以分为理性思维方法、具体与抽象、分析与综合、归纳与演绎等思辨的方法，逻辑方法、观察方法、调查方法、实验方法等实证方法；按方法使用的主要手段可以分为思辨的方法、实证方法，以及数学的方法（如统计测量的方法、模糊数学方法、模型化方法、计算机处理研究数据的方法等）、符号方法（如课题与假说的表述，研究结果、论文的撰写，列表法与图示法）；按方法的内涵可以分为抽样的方法、测量的方法、问卷调查方法、观察研究方法、文献研究方法、实验法与追因法、经验总结法、历史法、比较法、列表与图示法、内容分析法、评价分析法，等等。综上所述，教育学的上述一般研究方法，既规定了教育学研究的基本范式，也为教育学的具体研究方法提供了科学的思维方式与方法，适用于教育学领域中各种问题研究和各个分支学科研究。国防教育学归属于教育学门类，其具体的研究方法必须借鉴和受教育学一般研究方法的指导，而其一般研究方法的构建，也必须以教育学一般研究方法为基础和指导。国防教育学研究的任务，就是国防教育工作者和研究者，借鉴与运用教育学一般研究方法，在马克思主义哲学方法论和当代其他哲学方法论指导下，坚持中国特色社会主义理论体系为根本指导思想，通过对国防教育历史经验的总结，通过对中外以及不同历史时期国防教育的比较研究，通过文献分析，通过运用各种定性与定量分析方法以及实证法和实验法的运用，把国防教育的规律性认识上升到学科知识体系，建立起国防教育学理论体系和研究的方法体系，从而指导国防教育研究者对国防教育现象和实践过程的研究。