1、对外经济合作的市场不够稳定，结构过于单一。一方面表现在市场不够稳定，1998年新签合同额1177323万美元，比上年增长3.7%，落后于1997年的增长幅度6.8个百分点，呈放慢趋势；另一方面市场结构单一，多集中在发展中国家，如亚洲、北非等地区，效益普遍不高，而发达国家如欧美日等国家的经济合作由于技术要求较高，其市场难以打入。
2、投资管理不力，效益不够理想。对外经济合作企业“一业为主，多种经营”应该说这是一种好的经营战略，但是现在有些公司随意投资，到处撒钱，变成以多种经营为主，主业为辅的局面。由于多头投资，资金分散，而且投资可行性研究不够，致使大量资金沉淀，投资效益很不理想，甚至投资都难于收回。境外投资缺乏制约，管理混乱，也是效益不好的一个原因。个别企业由于经营管理不善，出现了巨额亏损。近几年，外经企业营业额每年递增都在10%以上，而当年利润增长幅度都大大低于营业额增长幅度。甚至是负增长。外经企业1997年同1996年相比，资金投入增长了40%，但同期利润不仅没有增长，反而下降了。重规模、重速度、轻效益、轻管理的思想是造成这种结果的主要原因。有的外经企业由于一味追求经营规模的扩大，不考虑自己的资金实力和管理水平，多头投资，造成资金愈发紧张和管理上的失控，导致发生项目巨额亏损。
3、资金问题制约着外经企业的进一步发展。当今国际承包市场竞争日趋激烈，业主条件越来越苛刻，带资承包项目非常普遍，能为业主解决项目资金往往成为夺标的关键。目前外经企业资产负债率已达近73%。由于资金匮乏，导致外经企业不得不放弃许多很好的项目。外经企业资金紧张，从自身因素来分析，那就是有的企业内部资金调度不合理，占用不合理，导致资金周转缓慢，甚至呆滞。
4、财务人员财务管理意识淡薄，整体素质有待进一步提高。长期以来，许多人认为，经济效益的好坏是企业业务部门的事，与财务部门无关，财务部门只负责记帐算帐，这种思想导致了重业务轻财务轻管理。个别企业财务管理混乱，一些财务人员素质不高，会计核算不实，成本费用控制不严，资金周转慢，资产流失严重。
5、对外经济合作的科技含量尚待提高。一般而言，对外经济合作业务中，对外承包工程等业务体力劳动的成分较大，因此科技含量相对较低；而设计咨询业务脑力劳动成分较大，需要的知识水平较高、科技含量相对较高。1998年我国科技含量较低的对外承包工程新签合同额和完成营业额所占比重最大，均占到76%以上，说明我国的对外经济合作的科技含量尚处于较低的水平，有待进一步提高。