从我国当前的社会经济发展状况看，解决我国农村地区医疗风险问题，建立农村医疗保险体系的思路主要有三，其一是改造旧的农村合作医疗保险制度，建立新型的农村合作医疗保险制度，由农民每年交一定数额的合作医疗资金，农村集体组织和政府也相应投入一部分资金，共同形成专项农村医疗保险基金，农民就医时可按一定比例报销医疗费。其二是参照城镇职工基本医疗保险制度，建立相应保障水平的农村居民基本医疗保险制度；其三是将农村居民纳入城镇职工基本医疗保险制度，建立城乡统一的基本医疗保险体系，实现城乡居民基本医疗保障范围、水平、筹资和管理的完全对接。
但考虑到我国城镇职工、公务员医疗保险体系改革正在进行之中，因此尚不具备建立低水平的农村居民基本医疗保险制度或将农村居民纳入城镇职工基本医疗保险体系的条件，采取建立新型农村合作医疗保险是当前的可选思路。但农村合作医疗实质上是一种在一定社区范围内以社区居民为保障对象的社区福利制度，是在一定社会经济条件下的一种过渡性医疗保障供给方式，具有不稳定性和暂时性的局限。而低水平的农村居民基本医疗保险制度又是农村医疗保险由社区保障向社会保障演进过程中的过渡形态。随着经济的发展、农村城镇化进程的加快和二元经济结构的改变，城乡差别将逐步消除，建立具有社会保障性质、城乡统一的基本医疗保险体系将是我国社会医疗保障的发展趋势。