5、片面强调归口管理，一些检察权的配置削弱了检察权的行使。民事行政检察部门一度配置有对公务犯罪的侦查权，实践证明对于强化监督具有十分重要的意义，取消民事行政检察部门对公务犯罪的侦查权，不利于民事行政检察权的独立高效行使。
三、检察机关内设机构改革的设想
对于检察机关内设机构改革，我们认为，《人民检察院组织法》应当对全国各级检察机关内设机构的设置作出明确规定，使检察机关内设机构的设置有法可依，同时实现全国检察机关内设机构设置、称谓统一，以体现其权威性、合法性、统一性。同时，要根据检察工作的实际需要，对职能重叠的机构实行合并，对人员臃肿的机构进行精简，充实到一线的检察工作岗位上，使检察机关每一个岗位的内容充实丰富，充分调动每一个检察人员工作的积极性，以提高检察工作的效率。
1、合并行政事务与后勤装备部门，统一归口为办公室职能范围，单设综合秘书科。该机构负责文秘、印章、信息、统计、档案、技术、检察宣传、调查研究、图书资料、编缉年鉴、行政事务、财务装备、局域网、车辆及赃款赃物的管理等项工作。将政务和后勤保障的职能合并一处，有利于提高政务效率和质量，将办文、办事、劳资、财会以及后勤保障的职能集于一体，有利于保障检察政务的正常运行，达到政令畅通，政事无阻滞，为检察业务做好保障和服务，突显检察院的司法属性。设立综合秘书科，单纯设置其职能为领导决策服务，对上情下达、科学决策有利。
2、实行捕诉合一，成立刑事案件监督部门。负责对公安机关、国家安全机关和人民检察院侦查部门提请批准逮捕、提请延长侦查羁押期限和移送起诉或不起诉的案件，审查决定是否逮捕、延长、提起公诉或不诉，并出席法庭支持公诉；对公安机关应当立案侦查而不立案的及侦查活动是否合法实行监督；对人民法院的审判活动实行监督，对确有错误的刑事判决、裁定提出抗诉等工作。通过捕诉合一，提高办案质量和效率，节省、整合司法资源，推进了以实现提高公诉、庭审效率为宗旨的司法价值取向的进程。谁批捕、谁主诉的办案机制，为主诉检察官指导侦查，使侦查活动为公诉活动服务的新型检警关系的形成创造了条件。有利于建立以起诉为龙头、起诉质量为核心的有效公诉机制。同时减轻了集中受案的压力，加快了办案速度。
3、合并反贪局、渎职侵权侦查部门、预防职务犯罪办公室，成立职务犯罪侦查部门。负责对国家工作人员贪污贿赂、挪用公款、渎职犯罪和国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查、暴力取证、破坏选举等侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利等职务犯罪案件的侦查工作；收集和管理职务犯罪的信息、情报，掌握了解和综合分析职务犯罪的情况；研究、制定预防职务犯罪的对策和措施；向案发单位提出预防职务犯罪的检察建议等工作。贪污贿赂犯罪和渎职侵权犯罪涉及的是国家工作人员和国家机关工作人员，其犯罪性质接近，往往贪污贿赂犯罪与渎职侵权犯罪相互交错，由一个部门管辖，有利于线索的深查细挖，可以形成反腐败合力，避免线索遗漏或线索不移交等问题，提高侦破职务犯罪成功率，有效利用司法资源。