3、基层政权行政能力弱化。一是乡镇政府行政机构设置上普追存在“条块分割”问题。有些理应下放给乡镇政府直接管理的，却被上级职能部门所把持（这些乡镇部门机构大多有利可图）；有些需要由上级职能部门业务指导和行政管理的乡镇事业单位，却被上级职能部门当作“包袱”甩给乡镇政府管理。尤其是前者，这些由上级职能部门实际管理的乡镇部门机构，往往不愿服从乡镇政府的管理或领导，更为严重的是，它们在一定范围内行使着本来属于乡镇政府的职权，从而削弱了乡镇政府的管理职能和权威，将乡镇政府架空、肢解为一级不完全的政府。这些部门机构就像各国派驻在联合国的代表机构，它们住乡镇政府的房子，享受乡镇政府的福利待遇，却可以不听乡镇政府的“调遣”；它们各自掌管着一个方面的权力，各自为政。乡镇政府对这些部门机构毫无办法，“叫不应”也“管不着”，只好放任不管。这种局面既不能对乡镇社区实施有效的管理和控制，也不能给农民提供完善服务。二是乡镇政府行政机构设置上普遍存在职能不清的问题。由于“政、企”、“政、事”和“政、经”不分，乡镇政府及其下属行政机构“该管的没管或者没有管好”，或者“管了不该管的事”。乡镇政府插手企事业和经济组织内部事务，而一些企事业单位和经济组织又担当了本属于乡镇政府的行政管理职能。三是对上负责与对下负责的矛盾。上级党委、政府把工作任务和指标层层“下压”，而乡镇处于最底层，只有硬着头皮上，“上面千条线，下面一根针”，对下还要保稳定，存在“上”与“下”的矛盾。
4、民间非政府力量逐年增大。一是宗教、宗族势力有所抬头，如某县已登记的宗教场所240所，非佛非道的场所（指方神庙类）达295处，仅去年一年依法取缔的非法场所就达51所；近年来各地宗族势力也在逐渐抬头，有的甚至严重影响村干部的选举工作。这些都导致农村基层精神文明有所滑坡。二是改革开放以来，社会结构发生了重大变化，就业形式、生活方式、价值标准的多元化变化直接导致了社会的分化，个人自由度增加，对政府的依附性减少。农村新富阶层的迅速崛起，冲击了农村社会权威体系，使农村社会由以前的党政单一权威制向多元权威制转变。
5、少数乡村干部工作热情不高。一方面乡镇干部待遇偏低。乡镇干部与县直关干部同为国家公务员，却待遇不一，国家规定的170元补助性工资以及菜篮子补贴乡镇干部都得不到保障。据调查，乡镇干部月平均工资684元，每月工作性支出约200元（含摩托车交通费，通讯费，每年报刊摊派，各项捐款等），用于家用仅剩484元，而乡镇干部“一头工，一头农”现象突出，生活较为贫困。另一方面乡镇干部政治地位较低。例如，乡镇科级领导干部大多从县直机关下派，从乡镇一般干部中直接提拔的较少。乡镇一般干部进城工作率也还不到8. 5%，缺乏城乡交流，影响了乡镇干部工作积极性。此外，乡镇干部在许多工作中没有执法权，难以依法行政，这在很大程度上影响了干部的工作热情。
二、对策
加强农村基层组织政权建设，要从理顺体制、转变职能等方面入手，笔者认为主要应从以下五个方面着手。
1、转变基层政府职能，建立公共服务型政府。当前基层政府大包大揽，管得过多过宽的现象没有得到根本改变，政府管了很多不该管、管不好、管不了的事。特别是基层政府热衷于直接投资推动经济发展，产生了不少问题。社会主义市场经济的发展和现代行政管理科学要求基层政府必须转变职能，从经济建设向公共管理转型。建立公共服务型政府，要把握好以下几个方面：一是明确职能定位。与市场经济相适应的现代政府职能主要是经济调节、市场监管、社会管理和公共服务，根据我国实际情况，基层政府职能应该以向社会、企业提供优质服务，搞好社会管理，创造良好经济发展环境和生活环境为主。二是树立现代政府理念。要摒弃政府权力包揽一切的旧观念，树立有限政府、责任政府、法治政府和服务政府理念，使政府从具体参与经济建设活动中脱身出来，把企业、中介组织和个人能够解决的问题交给社会处理，把更多的财力和精力投入到为经济发展创造良好环境上来。当前，基层政府的工作重点应放在以“五新一好”为主要内容的社会主义新农村建设上来，它对统筹城乡经济、破解“三农”、改善农民生活质量有重要的现实意义。三是坚持依法行政，加快政府管理创新。按照《全面推进依法行政实施纲要》和《行政许可法》的要求，转变行政管理方法，充分运用间接管理手段和动态管理经济和社会事务的管理，提高服务水平。