（二）没有从税法的角度来定义非营利组织，没有把公益组织和其他非营利组织区别开来。对于非营利组织这一概念的内涵和外延，国内外一直没有统一的界定。但根据各国对非营利组织的税收政策和管理来看，大多数国家一般都把非营利组织中的公益性组织单独划分出来，给予公益性的非营利组织特殊的税收待遇。因为公益性组织和其他的非营利组织不同，公益性组织活动的目的具有公益性，提供的产品和服务大多具有公共产品的性质，而其他非营利组织的活动虽然也是不以营利为目的但其性质不一定具有公益性，它往往具有互益性。因而区分两者并给予不同的税收优惠待遇是必要的。但在我国当前，还尚未从税法的角度去定义非营利组织，更没有区分公益性和其他的非营利组织。因而在现实生活中，便出现了许多非营利组织打着“非营利”的旗号，名义上是非营利组织，但其大多数活动却从事着经营性活动，有的甚至以营利为目的，违背了活动的宗旨目的，这不但使得国家税收流失而且对于其他组织来说也有失公平。
（三）有些税收优惠政策的规定，有失税收的公平性。按照税收的公平性原则，相同性质的行为应当受到同等的税收待遇。但在我国，却存在着违反税收公平性原则的税收规定。如同样对一家非营利组织进行捐款，但实施这样一项行为的主体分别是内资企业和外资企业，则税法允许二者从所得额中扣除的比例便不同。外资企业允许从所得额中全部扣除，而内资企业却有扣除比例的限制。另外，对只有被列举的非营利组织的捐赠才能获得一定比例的扣除，这同样有失公平性，不利于非营利组织的发展。
三、完善非营利组织税收政策的思考
针对非营利组织还存在上述的一系列问题，笔者认为完善非营利组织税收政策应从以下几方面来思考：
（一）应从税法的角度来界定非营利组织，应规定非营利组织的宗旨必须是不以营利为目的，其主要的活动应是非经营性活动。当然不以营利为目的并不是不允许其从事经营性活动获取利润，只是经营性活动不应构成非营利组织的主要活动，其从中获取的经营性利润禁止向个人分配而只能用于非营利组织非营利的目的。因而对于非营利组织有必要区分经营性活动和非经营性活动所获取的收入，对于其从事的经营性活动所获取的收入如投资所得、贸易活动等应当征收税收，而对于来源于非经营性活动的收入如捐赠、会员的会费和财政的拨款则应予以减免。
（二）学习其他国家，应把公益性非营利组织和其他非营利组织区分开来，并给予不同的税收待遇。对于公益性非营利组织所有与公益目的有关的活动所获取的收入应当免征所有的税收，而其他一般的非营利组织则仅对其来源于非经营性活动的收入予以免证。这是因为从公益性非营利组织活动中获益的是公众，而其他非营利组织的活动虽然在一定程度上也有利于社会，但其受益的主要是会员，因而应给予它们不同的税收待遇。
（三）应统一内外资企业允许捐赠额从所得额中扣除的比例，这样一方面体现税收的公平性原则，另一方面也会提高企业捐赠的积极性，从而有利于非营利组织的发展壮大。
（四）提高所得税中关于捐赠数额从所得额中扣除的比例。现行对于捐赠比例的规定有些偏低，应进一步提高。
（五）改变现行捐赠通过向列举的非营利组织才能扣除的规定，而应当是只要获取了非营利组织资格的认定特别是公益性组织资格的认定，就应允许捐赠直接扣除。