各群体利益诉求日益多样化
和谐关系的根本是人际和谐，人际和谐的根本是利益和谐。虽然大家的根本目标和根本利益是一致的，但是具体的利益诉求却不尽相同，在个别问题上甚至出现某种“对立”。所以，如何协调处理好学校内部各方面的利益关系，建立健全利益诉求机制，协调和兼顾各个群体，让每个群体都感到自己的劳动得到了尊重，自己的努力得到了回报，这是摆在高校党委面前的一个重要而紧迫的问题，也是考验我们执政能力、领导能力和水平的一个重要方面。
利益格局调整呈现复杂性
从高校内部的改革看，力度较大的应该是上世纪末开始的劳动人事分配制度的改革。交大在当时是走在前列的。如从1998年开始，陆续进行了分配制度改革、机关改革、以及后勤社会化、住房货币化等几项改革。从总体上来说，大多是在原有的基础上做增量。相对来说，这些改革还没有触发内在的矛盾。而改革必然会涉入“深水区”。深层次的人事制度改革、资源重新整合和配置、全员聘用制的实施、用人上的“优胜劣汰”等改革都是难以回避的。如何在深化改革的过程中，正确处理高知识分子群体利益格局的调整，化解各种新的更为复杂的矛盾，也是高校党委必须高度重视的问题。
历史遗留问题呈现新特点
对于像上海交大这样一个具有百十年历史的老校，不仅有新的历史条件下出现的各种矛盾和问题，还必须要面对诸多历史遗留问题，这些问题成为影响校园和谐的因素。此外，改革开放和市场经济所带来的负面因素，也影响高校的和谐与稳定。比如说，由于受西方思潮的负面影响，少数教师和学生理想信念出现动摇；校园里出现“拜金主义”、学术浮躁等等，都影响到校园的和谐。
建设和谐校园的思考与实践
高校是社会的晴雨表，在改革和发展过程中，必然会遇到这样那样的矛盾和问题，存在一些影响校园稳定的不和谐因素。高校党组织必须正视它们，把建设和谐校园作为战略任务，在解决这些矛盾和问题的过程中提升自身的战斗力和创造力。
发展是学校党组织的首要任务
高校出现的种种不和谐现象，必须坚持用发展的办法来解决。
我校党委一直把推进学校事业的发展作为首要任务。2006年初，校党委八届四次全会提出把“内涵发展”作为学校的工作主线，努力提高办学水平和办学质量，实现各项事业又好又快的发展。校党委进一步把内涵建设明确为五个方面的提高，即：提高师资队伍整体水平，提高人才培养质量，提高学科发展层次，提高科研自主创新能力，提高管理效率和水平。
在工作中我们体会到，坚持用发展、特别是用内涵发展的思想来凝聚人心，有利于推进工作，化解矛盾。2006年上半年，我们经过充分准备，举办医工交叉学术沙龙，让医科和理工科的教授汇聚在一起，相互展示和介绍自己的研究特长和对医工交叉的要求，结果促成50多个合作项目启动。11月底，我们又把生农医药四个学院放在一个大的平台上，请来自全国的16位院士共同进行诊断，学科深度融合。这些举措既推进了医学学科与其他学科的相互渗透，促进了发展，同时也加深了不同学科教授的交流与合作，消除了思想上的误解和分歧，推动了融合。
努力提高领导班子的素质能力
认真抓好政治理论学习以及高等教育和现代管理知识的学习是我们培养班子素质能力的第一步。此外，我们还把研究问题作为提高班子能力和水平的一个重要抓手，利用寒暑假，每年召开两次领导班子务虚会，分析形势、机遇和挑战，对事关学校改革发展稳定的重大问题进行前瞻性的思考与研究。2006年上半年，我们对影响学校发展的若干问题和难题进行梳理，分解成十个方面，分别由一位校领导牵头，把相关部处的负责人和有关专家组织起来共同进行研究，力求形成校班子带头、在全校倡导和形成学习研究的风气，自觉用理论和思想成果指导和谐校园建设。