朝野，是晚清因为吏使腐败处理人员最多的一次。
其实，杨毕冤案发生时，大清王朝的官场腐败已相当严重，慈禧太后便借此案严肃法纪，重振朝纲，趁机惩治贪官污吏。事实上，杨毕冤案能够得以平反，最大原因就在于此。
二月十六日，沈祥被判杖八十并徒刑两年，沈彩泉被判杖一百并流放两千里。小白菜不避嫌疑，致招物议，杖八十，杨乃武不尊礼教，革去举人。至此，历时三年，经过七审七次误判的疑案，屡经曲折，柳暗花明，至此终于大白天下。时为光绪二年十二月十六日。 杨乃武之案之所以能沉冤昭雪，实际上隐藏着深刻的、尖锐的官场权力斗争。审理过这个案子的浙江一干官员，从县到府到省，全都是曾国藩所统帅的湘西军阀的手下，他们靠征战赢得这个职位，并没有太大学识，又缺乏严格的审判经验的教育，所以常会酿成冤案。
即使有了冤案，因通处湘系，官员之间相互袒护，也会使这个案子难以翻案。其实，清廷早就想找到一个契机来弹压湘西军阀的势力，而杨乃武、小白菜案件的发生就是个绝好的机会，最后100多位官员顶戴花翎全部摘掉，永不续用，实际上是清廷借此有意压制湘系军阀。 杨乃武在狱中写下诉状，有胞姐杨淑英带出，会同其妻詹彩凤，上京向都察院控告，结果被都察院押送会浙。第一次京控失败，杨树英去找杨乃武在杭州的同学吴以同。当时吴以同在胡雪岩家任西席，正巧兵部右侍郎夏同善丁忧期满回京，途经杭州，胡雪岩为他饯行。席间，吴以同说及杨乃武之冤案，夏同善答应回京相机进言。 九月，杨淑英与詹彩凤二上北京，夏同善介绍他们遍叩浙籍在京官员30余人，并向刑部投递冤状。夏同善又联络军机大臣翁同癔，把本案内情面陈两太后。清廷下谕，派礼部侍郎胡瑞澜（时任浙江学政）为钦差，在杭州复审。浙江巡抚杨昌睿调宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼随同审理。审讯时，杨乃武与毕秀姑翻供，即用大刑，把杨乃武两腿夹折、毕秀姑十指断裂。杨、毕两人在重刑之下，再度诬服。
十月十八日，胡瑞澜将案情报刑部，刑部详细研究，发现情节多存不和，奏请朝廷。又令胡瑞澜重审，谕明不得用刑。杨乃武拼死翻供。证人钱宝生已病故，无法定之献。
十二月，浙江士绅吴以同、汪树屏等三十余人联合上告，请求将人犯解京审讯，以释群疑。夏同善等京官多次在慈禧太后前为此案说话。朝廷下旨，责令杨昌睿将此案所有卷宗、人犯、证人，连同葛品连尸
棺押运到京。刘锡彤也解任同行。
光绪十二年十二月，刑部大审，都察院、大理寺会审，杨乃武剖辩案发经过，否认通奸谋毒之事，毕秀姑口呼冤枉，照实直说。又审问尸亲及证人，提审门丁沈彩泉、仵作沈祥、爱仁堂药铺伙计等人，都供出实情。接着，开棺验尸，确属病死，并非中毒。蒙冤三年多的案件终于真相大白。