本材料先介绍我们的情况,然后提出对新学生的要求。共三页,成稿于2011年9月2日。
一、我们的实验室和研究
国家高性能计算中心(合肥)
本实验室是安徽省重点实验室,从事高性能计算与应用方向,是计算机学院的重点方向。实验室由陈国良院士创建并领衔负责,现有100名左右的博士后、博士生和硕士生。上图为实验室位于东区科研楼五楼的一角。
我指导的学生组成
1. 博士生:2名陈国良老师的学生,1名与香港城大联合培养的学生
2. 硕士生:8名硕士生
研究方向:高性能计算与应用、生物信息学 1. 高性能计算与应用
1) 主要研究内容:
a) 基于虚拟化技术的多核平台和系统的并行化
2)
3) 4)
5)
Improvement of software durability and portability,二进制执行流翻译,并行性能监控和分析等
b) GPU上的并行算法设计和工具环境
LCS和MLCS算法的高效实现,多GPU cluster的算法设计,新型编程模型等
c) 多核DSP编译器研制 合作研究
a) 研究者:尚奕教授(University of Missouri, Columbia),周丰丰博士
(University of Georgia)等
b) 单位:中科院计算所,中电集团三十八研究所 毕业学生:张坤鹏硕士(美国西北大学读博),余林彬硕士(美国读博),胡自林硕士(上海HP)等。 在研重要项目:
a) 并行计算模型和性能优化,国家863重大项目子课题,2010.1-2010.12 b) BWDSP100 C编译器实现,“核高基”科技重大专项,2009-2010 c) 基于龙芯3号的通信与数学库的研制,“核高基”科技重大专项,2009-2011 重要论文:国内科学通报、软件学报、计算机学报、计算机研究与发展论文各1篇,国际会议论文多篇。
2. 生物信息学研究
1) 主要研究内容:
a) 可扩展的生物序列分析
BLAST软件优化和并行化,MLCS和多序列比对,单体型推导,moti发现、质谱数据处理等
b) 大规模的生物文献挖掘研究
实体命名识别,蛋白质相互作用关系提取等 c) 典型应用研究
蛋白质功能位点预测,基于质谱数据的蛋白质和肽段鉴定等
2) 合作研究
a) 国外:尚奕教授(University of Missouri, Columbia),姜涛教授(University
of California, Riverside Riverside),李明教授(University of Waterloo, Waterloo),周丰丰博士(University of Georgia)。 b) 国内:刘海燕教授(中科大生命学院),熊英副教授(中科大生命学院),
薛宇教授(华中科大生命学院)。
3) 毕业的学生:周丰丰博士(美国佐治亚大学博士后),张强峰博士(美国哥
伦比亚大学读博),宋彬硕士(美国工作),张弘硕士(美国弗吉尼亚大学读博),朱琳竑学士(新加坡读博)等。
4) 在研重要项目:1项国家自然基金面上项目和1项国家863项目。 5) 重要论文:1篇Bioinformation(影响因子5.0),2篇BMC Bioinformation(影
响因子3.49)。
二、对未来学生的要求
个人兴趣要求
随着并行计算机的普及,特别是多核处理器的大众化,并行计算理论和技术再一次成为一项热门研究和技术。而生物信息学集海量数据和问题的高复杂性,已然成为并行计算应用和研究的试金石。要求新同学对此有兴趣,并有志投入到并行计算的研究和应用中。
专业基础要求
尽管并行计算方面的知识,许多院校的本科专业未开设,然而中国科大计算机学院在硕士生阶段有着丰富强大的此方面课程设置,开设了并行程序设计、并行机体系结构和并行算法三门课程,足以弥补这些缺陷。但要求新同学具有较好的数据结构、离散数学、计算机组成和体系结构方面的专业基础。
简略地,还应具备:
1) 良好的英语基础; 2) 进取的研究精神; 3) 高尚的人生态度。
期望,从我们实验室走出的是:一位德才兼备的社会有用之才。