点击SIM表的某一行，可以在色谱图中某一时间点，单击以决定该SIM时间段的结束时间，
右边是化合物ID表，可以更改相关信息，点击各个化合物的Ref.Ions栏，可以查看该化合物所用的参考离子。
如果需要更改MS开始收集时间，可以在SIM表顶上的Start Time栏改动。
检查无误后，点击OK键保存SIM表，点击菜单栏中File子菜单Save Method File As，覆盖原先已经保存有目标化合物ID表的SIM方法中。
15. 在实时分析工作站，使用14.5所建立的SIM方法，开始从低浓度到高浓度收集各个混
标的SIM数据，点击辅助栏的Batch Processsing(批处理程序)，右件键点击ID表的某一行，用Add Row(增加)或Delete Row(删除)、Insert Row(插入)键，改变所要进行测试的数目。
在每行ID号，对应的Vial#填上样品瓶在托盘位置的Vial#号，Sample Name填上合适名称，单击Sample Type栏右侧选Unknown ，单击Analysis Type 栏右侧选上Integration for Quantitative(IT) 和Quantitative Calculation(QT)。单击Mehod File 栏右侧选14.5所建立的SIM方法。单击Data File栏右侧，选数据保存路径，建议数据名称后缀加SIM以区别SCAN数据。单击Inj.Volume栏右侧，确定进样量，单位是μL。单击Tunning File栏右侧选调机文件，如果不用这栏，系统默认最新日期的调机文件。
备注：如果要增加或减少显示批处理栏目，可以右件键点击空白处，选Table Style，进入该菜单，在Column Order 栏，在Hide Items 和Display Items之间用Add键或Delete键，转换要显示或隐藏的栏目，在Display Items项还可以通过Up键和Down键排列显示栏目的先后顺序，按确定按钮保存。
16. 收集完SIM数据后，单击后处理辅助栏的Quantitative按钮，后双击左侧Data Explorer
数据浏览器数据文件目录（单击工具栏的Data Explorer 按钮，可以打开Data Explorer数据浏览器），打开要积分来建立标准曲线的数据。先点击化合物ID表顶上的View按钮。
注意：点了Edit键，则不能用右键进行以下操作。
再在单击目标化合物表中的某个化合物所出现的单个MC图（质量数色谱图）中，点击右键Peak Integrate for all Ids，把所有目标化合物表中的化合物积分，然后逐一点击
目标化合物表中的化合物，看每个化合物是否已经积分，如果已经积分，在质量数色谱峰峰顶上会出现倒三角。如果没有，则点击对应化合物的MC图右键的Manual Peak Integrate，出现Select Base Line 菜单，根据峰型选择合适基线，一般选Link Point 点击OK按钮，鼠标变成一条垂直直线，按住左键选择要手动积分的峰的起始点和结束点。积分结束后点击菜单栏File的Save Tata File，保存已经积分处理的数据。
17. 点击后处理辅助栏的Calibration Curve按钮， Data Explorer数据浏览器底下选择方法
文件目录，选择已经保存有目标化合物表和SIM表的方法文件，双击左键打开该方法保存的目标化合物ID表，在数据浏览器的右侧下方， Datal Files栏目显示该方法不同浓度点。
在数据浏览器数据目录选择不同的浓度SIM数据，点击左键拖到Datal Files栏目相应浓度点下。
备注：1：在拖放过程中会出现GCMS Postrun Analysis菜单内容为“[1007]Calibration Curve Information (the Quantitative Parameters,Compound Table) of the data file is different from the information of the method file. Do you coppy the information of the method file to the data file.”意思为当前的方法文件校准曲线信息和拖动数据的校准曲线信息不一样，是否把方法文件校准曲线信息覆盖到拖动数据中，点击是按钮。
2：在Datal Files栏目上部显示出不同浓度点的积分峰面积，如果Datal Files栏目浓度点下拖有3个数据，则在该浓度点显示3个积分峰面积栏，按Datal Files栏目浓度点下拖动数据从上到下的顺序，显示为Areal ，Areal2 ，Areal3，注意，逐一单击目标化合物表的ID号，看每个化合物的标准曲线，所用积分面积是否有误，在需要用的积分面积前面打钩。
3：如果想把标准曲线从一次方程转为二次方程以提高线性系数R，或标准曲线是否过原点，可以点击菜单栏Method中的Quantitative Parameters，再点击Quantitative栏在Curve Fit Type项选Quadratic，在Zero项选Not Forced(标准曲线不过原点)，Force Through(标准曲线过原点)。点击确定按钮，保存定量参数。在标准曲线的右侧显示曲线的各个参数。
4：如果目标标准曲线没有显示，排除标液的质量外，很可能积分参数有误，点击辅助栏的Quantitative Parameters按钮，再点击Peak Intergration（峰积分标签），Intergration项选Detail（详细）,把Slope(斜率)斜率越小所积分出来的峰就越多 、Width（半峰宽）
一般选2或3、 Drift（飘移）选0 、T.DBL（时间变参）选1000、Min Area/Height（最小峰面积/峰高值）高于这个值才能积分。在右侧的Processing Time的Std.Ret.Time+-(标准样品保留时间偏差)一般不大于1。点击确定保存。点击辅助栏的Peak Integration for All Data，重新积分以获得标准曲线。点击菜单栏中File子菜单Save Method File As覆盖到已经保存有目标化合物表和SIM表的方法文件中。
注意：到此为止才算建立好一个完整的SIM方法文件，包括Sampler、GC、MS三种参数、目标化合物ID表和SIM表、目标化合物的校准曲线。
18. 实时分析中使用完整的SIM方法，对未知样品进行测试，可以选择单针或批处理进样，
参考10和15。
19. 在后处理点击Quantitative按钮，单击左侧Data Explorer数据浏览器数据目录中需要进
行定性定量的未知样品数据，再点击辅助栏的Load Method,选择完整的SIM方法文件，会出现出现GCMS Postrun Analysis菜单内容为“[1045] Method information loaded successfully”点击确定按钮。对未知样品数据进行积分，参考16。如果需要更改积分参数，参考17备注4。更改积分参数后要进行积分可以点击辅助栏的Peak Integration或者按16所示的方法积分。
20. 如果要对未知样品进行定性，有2个判定条件，同时满足以下两个条件才能判定未知样
品存在目标化合物。
在未知样品的MIC（多离子色谱图）的出峰时间和目标化合物ID表的Param，s（参数标签）所定义的目标化合物出峰时间相差不大于0.05min。
备注：鼠标在MIC（多离子色谱图）移动时候，图上方会提示该点出峰时间。
单击目标化合物ID表中的某个化合物所出现的单个MC图（质量数色谱图）中，该目标化合物的Target Ion(目标离子)和Ref.Ion(参考离子)必须同时出现。
21. 要查看未知样品中目标化合物浓度可点击目标化合物ID表的Results标签。在该标签可
得到目标化合物的样品溶液浓度和出峰时间，如果要转换成样品的浓度，则单击菜单栏File中Data File Properties，在Sample Amount项填上样品重量单位是g，在Dilution Amount项填上稀析体积单位是mL。例如样品重量2，稀析体积30，点击确定按钮后，
再点击辅助栏的Calculation按钮，则目标化合物ID表Results标签中的目标化合物浓度数字变成原先数字乘15倍后的数字。
备注：如果在目标化合物ID表Results标签中没有出现浓度等定量结果，可能有以下三点。
1 积分参数输入不合适，可以点击辅助栏的Quantitative Parameters按钮，参数设定可参考17的备注4。
2未知样品与标准样品的碎片丰度比超过允许偏差值，可以点击辅助栏的Quantitative Parameters按钮，再点击Identification(签定)标签，在Spectrum Confirmation栏的Default Ion Allowance数字设大点，数字越大，允许的偏差越大，一般选默认值30。 3 未知样品可能不含有此目标化合物或含量偏低。
确定数据定量结果，点击菜单栏File中Save Data File，保存未知样品的定量信息，如果没有保存，则在报告打印中无法打印出定量信息。
22. 要打印报告可以两种方式，一种是不建立模板，直接通过数据，抽取所需要的信息，点
击辅助栏的Report Format，单击左侧Data Explorer数据浏览器数据目录中需要进行报告处理的未知样品数据，该数据反黑后，再点击工具栏的工具选项，然后在报告模板右侧空白处，按住左键拖动显示方框大小。点击每个工具显示方框右键Properties(属性)，可以更改显示参数。另一种是先建立好模板，再把要进行报告处理的未知样品数据拖到模板中，所有一起显示。举例如下：
点击在菜单栏File中的New Format File进入File File菜单，选New File项，点击OK键保存。一般常用的工具是Text（文本）、Chromaogram（色谱图）、Spectrum Graph（质谱处理表登陆的质谱）、Quantitation Table（定量结果表）、Library Search(质谱库检索)。点击工具栏的工具选项，在报告模板右侧空白处，按住左键拖动显示方框大小，排在合适的位置。
在Text方框中单击右键的Properties，再点击General(普通标签)Font（字形）的Set按钮，进行字体、字形、大小设定。点击确定按钮保存。点击Text标签，在Aligen处选择文本排列形式，输入文本内容。点击确定按钮保存。
在Chromaogram方框中单击右键的Properties，再点击Chromato标签，如果要更改色谱图显示范围，可取消Area栏Auto(自动显示)，输入X轴的时间显示范围和Y轴的强
度显示范围（Y轴的设定要先选Normalize,才可以进行强度设定）。点击应用按钮保存，一般选Auto自动显示。点击Graph(图谱)标签，可在Peak.Info栏把要在色谱图显示的参数如Peak# (峰号)、Name（峰名）、R.Time（峰保留时间）、Area（峰面积）、 Height（峰高度）、Conc（峰所代表组分的浓度）前面打勾，点击应用和确定按钮保存。一般选择TIC显示色谱图。
注意：如果已经拖动数据到Chromaogram方框，在Chromato标签的TIC，MIC
在Spectrum Graph方框中单击右键的Properties，可通过点击Spectrum标签，在Select项(质谱显示顺序选项)，可选按Spectrum Rrocess Table（质谱处理表）、Peak#（峰号）、Retention Time（保留时间）、Compound Results Table（目标化合物ID表）的顺序显示。点击应用和确定按钮保存。 注意：
1）如果已经拖动数据到在Spectrum Graph方框，在Spectrum标签的Peak项，文本框反白，可以选则要显示质谱峰的数目。
2）只有注册到Spectrum Process Table(质谱处理表)的峰，才能打印质谱图。可单击后处理辅助栏的Create Compound Table，再点击子菜单Peak Integration for All TICs对该SCAN数据进行积分，最后点击子菜单Qualitative Table，把TIC中需要做定性、定量的峰注册到质谱处理表。点击菜单Qualitative Table的Similarity Search对注册到质谱处理表的峰进行质谱库检索，双击每个ID峰对应的行，出现该组分的Similarity Search Results，其中在该菜单中间会显示Copy marked compound name to the Spectrum Process Table按钮。
22.5在Quantitation Table方框中单击右键的Properties，再点击Format标签，在要显示的参数前面打勾。
注意：只有该拖动数据已经经过积分和定量处理保存后，才能显示参数。
22.6 在Library Search方框中单击右键的Properties，点击Result标签，在Maximum Compound Number（打印检索结果的数目）。
注意：只有注册到质谱处理表的峰并经过质谱检索后，才能打印检索结果。对于进行质谱库检索参考22.3的注意第2点。
23. 确认报告模板设置完成后，点击菜单栏的Save Format File As，选择报告模板的存放路
径和输入文件名。
24. 单击左侧Data Explorer数据浏览器数据文件目录中需要进行报告打印的数据，按住左
键拖放到报告模板中，点击工具栏Print Preview(打印预览)，检查打印内容和效果。点击工具栏Print，报告被输出到打印机准备打印。