只有让公司的管理层认识到内部控制体系的重要性,才能建立完善有效的内部控制体系。公司应该对各层级的管理层进行内部控制原理教育,使其深刻的认识到内部控制的重要性,以身作则的执行内部控制制度，这样公司的内部控制体系才能高效的运转。
（2）将内部控制体系与公司治理结构有机结合
完善内部控制环境,还要做到内部控制体系与公司治理结构的有机结合。企业在设计组织架构时,必须考虑内部控制的要求,合理确定治理层及内部各部门之间的权力和责任并建立恰当的报告关系,既要能够保证企业高效运营,又要能适应内部控制环境的需要进行相应的调整和变革。企业应当根据国家有关法律法规的规定,按照决策机构、执行机构和监督机构相互独立、权责明确、相互制衡的原则,明确董事会、监事会和经理层的职责权限、任职条件、议事规则和工作程序等。山东新华制药股份有限公司的组织架构中存在缺陷的是内部审计部门不能对经理层进行有效的监督,对此可以采取的措施是可以将内部审部门下设在监事会,对监事会负责,这样可以有效的监督公司的高级管理者。
（3）提高公司员工内部控制方面的素质
山东新华制药要想建立完善的内部控制体系,就必须要让全体员工参与到公司的内部控制体系中。企业应当加强全体员工对内部控制的认识,使每位员工积极参与到内部控制建设中,明确自身责任,明确内部控制对企业各层级、各部门、各岗位工作的重要性,更正内部控制制度设计和内部检查是内部审计部门的责任的错误观点。
2、建立全面的风险评估机制
企业在竞争激烈的市场环境中,随时会发生各种危机。对此企业应当建立一套有效的内部控制体系,以更好的应对不确定的风险。企业应当注重包括治理结构,机构设置及权责分配、内部审计、人力资源部政策,企业文化等内容的内部环境建设。注重适时对企业面临的风险进行评估,按照目标设定,风险识别,风险评估,风险应对的要求管理风险的全过程。企业应当结合风险评估的结构,通过手工控制与自动控制、预防性控制与发现性控制箱结构的方法,运用相应的不相容职务分离控制,授权审批控制,会计系统控制、财产保护控制、预算控制、运营分析控制和绩效考评控制等多种控制措施,将风险控制在可承受度之内。
3、改进资产管理控制
山东新华制药资产管理控制需要做的改进是:第一,建立独立的资产管理部门。从山东新华制药股份有限公司的组织结构图中可以看出,山东新华制药一直没有独立的资产管理部,给企业资产管理带來很大的不便,建立独立的资产管理部门,明确资产管理部门的主要职责,做到责、权、利相统一,从而有利于提升资产的管理水平,充分发挥资产的效能。第二,公司应该优化资产管理制度,加大制度的执行力度。公司应该根据每项资产的特点进行分析归纳,设计合理的业务流程,通常包括取得、验收移交、円常维护、更新改造、淘汰处置等环节,以此来制定合理的资产管理方法。同时,企业还应该建立科学、周密、可行的资产监督制约机制,保证制度的执行,避免只作表面文章。第三,企业应该
推行企业资产管理信息化建设。利用信息技术提高资产管理效率。
4、构建及时有效的信息传递机制
山东新华制药在信息系统和信息传递方面要做的改进有:一,制定关于信息系统和信息传递的内部控制制度。山东新华制药现有的内部控制制度中缺少关于信息系统与信息传递的制度,公司要完善制度上的缺失。二,信息安全的重视。信息系统的安全程度直接影响着企业的经济运行和经营管理的效率与效果。因此,企业应当重视对信息系统的安全保障,建立相应的制度,采取必要的技术手段,以确保信息系统的安全,稳定,高效运行。三,安全措施的多样化。保证信息系统安全运行的措施有很多种,企业可以根据实际需求和具体条件进行选择。
为确保企业信息系统的安全,企业可以同时选用几种安全防护措施。
5、加强内部监督
企业可以通过适当的奖惩措施,来加强内部控制的监督效果。可以根据只体的岗位职责需要来设立相应内部控制运行考核指标,依据内部监督评价结果对相关单位、部门或者人员实施适当的奖励和惩罚,这样既有利于充分调动员工的积极性,也有利于提高企业内部控制的实施水平。另外,可以选择多个专业中介结构共同完成对企业内部控制的外部评价,弥补内部监督的不足。为了增强内部控制外部评价的有效性,防止因外部评价主体的监督能力不足给企业带来的风险,企业可以将内部控制评价分为财务部分和非财务部分,其中财务部分可以由会计事务所完成,而非财务范围的内部控制应由具备企业实践管理经验的人员或者相关领域的学者和专家来评价,这样能够更加有效的识别企业的风险所在,真正体现出评价中的风险导向原则和公允性原则。