1、信号假说
1972年，C.Milstein等发现在骨髓瘤细胞中提取的免疫球蛋白分子的N端要比分泌到细胞外的免疫球蛋白分子的N端氨基酸序列多出一截。
1975年，Gunter Blobel和David Sabatini提出信号假说：分泌性蛋白N端序列做完信号肽，指导分泌蛋白到内质网膜上合成，然后在信号肽引导下蛋白质边合成边通过易位子蛋白复合体进入内质网腔，在蛋白质合成结束之前信号肽被切除。
2、蛋白质分选
细胞利用蛋白质N端的信号序列分选数以千计的蛋白质，把它们运送到特定的位置。信号假说的提出解释了分泌腺蛋白从细胞质内的合成位点穿过内质网（ER）到达细胞外面的过程。信号序列指导蛋白质首先到达内质网膜，这一过程准确来说是一个共翻译过程。
分选的基础是核糖体与大分子复合物，即信号识别颗粒（SRP）的相互作用。SRP能够识别核糖体中输出的新生多肽链中的信号肽序列，并通过暂时的结合而中断蛋白质的合成过程。整个合成装置暂停直至SRP-核糖复合物与分布在ER膜上的受体（SRP受体）结合。此时多肽链的延长过程才能继续下去，而不断延长的多肽链则朝着内质网的内腔移动。
通过SRP识别的含信号序列的 蛋白质分布范围较窄，包括膜蛋白直接嵌入双分子层，进入ER内腔并成为内质网中可溶性蛋白的一分子，穿过ER内腔并进入到高尔基体、溶酶体或者从细胞中分泌出去。定位到核、线粒体和叶绿体的蛋白质是不依赖SRP途径的。