部分标准之间的关系需进一步理顺，如水质标准“一水三标”（地表水环境质量标准、农田灌溉水质标准、渔业水质标准），空气质量两项标准并立（环境空气质量标准、保护农作物的大气污染物最高允许浓度），部分污染物排放标准行业拆分方式有待完善。随着需要监控的环境污染因子不断增多，环境监测规范的数量和技术水平距离实际需求尚存在一定的差距。固废、生态、核与辐射、环评导则等标准体系的系统性和协调性还有待进一步提高。
2.对环境管理重点工作的支持能力需进一步提高
由于环保标准规范性、程序性要求严格，标准的上位法、基础数据、科研成果缺乏，以及环保标准工作任务重，制修订工作人员有限等主客观原因，一些标准难以出台或者出台速度慢，不能及时满足环境管理需求。部分标准的标龄较长，已经不能完全适应环境保护工作的需要。为支撑重点工作而进行的标准簇构建还需进一步深化。
3.标准的宣传培训和实施评估工作不足
重要标准、标准基础理论和标准体系的宣传培训工作开展有限，部分使用者对于标准的理解不全面、不深入，部分标准发布后未能得到全面有效实施，未能充分产生应有的效益。对于标准实施效果的跟踪评估工作未全面开展，标准的适用性受到影响，依据标准实施效果指导修订工作的机制尚不完善。
4.标准相关的科研工作和基础条件尚需加强
部分标准相关科研工作的针对性不强，成果缺乏系统性，对标准制修订工作的支持力度不足。重要基础数据和科研成果的信息共享程
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