均较原有使用教材有了很大的提高，是一本比较优秀的大学教材。但在我们使用过程中也发现该教材存在着一些问题，有必要提出来和大家进行探讨。
1 关于教材内容的编排顺序
该教材内容编排上，按微生物由低等到高等的顺序编排，首先介绍病毒的概念和相关知识，然后介绍原核微生物和真核微生物，这和国内目前使用大部分教材的编排是不同的，这样有个好处，就是使得学生对病毒、原核微生物和真核微生物在结构有了更为清晰的概念，但是与此同时也产生一些问题，由于在“非细胞结构的超微生物—病毒”一章中的许多概念和结论都涉及到原核微生物的知识内容，比如噬菌斑的概念、溶原性的概念、噬菌体的繁殖过程等，学生在学习这些内容时缺乏相应的原核微生物（特别是细菌）的知识，使得在理解上有些困难；此外，这种安排容易使学生在生物进化问题产生误解，即认为病毒是地球上最原始的生物，原核微生物和真核微生物是在病毒的基础上进化而来的，再加上病毒在《环境工程微生物学》中的重要性和所占的比重要远远小于原核微生物，因此建议恢复原有编排顺序，仍然采用先介绍原核微生物内容，然后再介绍病毒内容为好。
教材“第五章第五节 菌种的退化、复壮与保藏”，涉及到微生物的遗传与变异方面的知识，将其调整到“第六章 微生物的遗传与变异”更好一些。
2 教材中存在一些概念错误
教材对许多概念的定义确切，有些甚至是错误的，特别是在“微生物的生理”这一章中该问题更加突出。
在教材第29页，“拟核携带细菌的全部遗传信息”，是不确切的，因为有些细菌具有质粒，也携带有部分遗传信息，应将其改为“拟核携带细菌全部或部分遗传信息”。
在教材第77页，把全酶定义为“由蛋白质和不含氮的小分子有机物组成，或由蛋白质和不含氮的小分子加上金属离子组成”。这种提法是错误，因为辅酶或辅基中的大部分，如铁卟啉、辅酶A、辅酶Ⅰ和辅酶Ⅱ、FMN和FAD等都是含氮的。建议采用沈同《生物化学》的提法，即“酶蛋白与辅助因子结合后所形成的复合物称为全酶”[1]。
在教材第81页，“氢由辅酶（FAD或FMN）传递给活化的氧”是不正确的，因为FAD和FMN是氨基酸氧化酶和琥珀酸脱氢酶的辅基，应改为“氢由辅基（FAD或FMN）传递给活化的氧”。
在教材第93页，把合成培养基定义为“用无机化合物配制而成的培养基叫合成培养基”是不正确的。用这种方法配制而成的培养基只能用于培养无机营养型微生物，而有机营养型微生物只能利用有机物作为碳素营养和能量来源，要培养它们必须在培养基中加入有机物作