操作系统通过引导扇区获取磁盘分区的相关参数，确定两个FAT表的位置和大小，以及文件目录表（FDT）的位置，系统在查找文件/目录时，通过文件目录表来获取文件/目录的相关信息，如文件/目录名、大小、时间戳等，以及存储的首簇（系统在管理扇区时是以簇为单位的，一个簇可能是1、2、4、8、16、32、64个扇区等）号，根据首簇号一方面到数据区相应地簇号所对应的扇区找到首簇数据，另一方面从FAT表中找到后续的簇以及结束标示，其FAT表与数据区中的簇是一一对应的，FAT后面的数字12、16和32分别表示FAT表中用多少位来表示数据区中的一个簇，而数据区的实际数据只能通过文件/目录及子目录来解释。这样就确定了一个完整的文件/目录，如下图所示。
FAT16文件系统的文件目录项（FDT）每一项用32个字节来定义，其含义如下图所示。