第四十四条【调查终结】有下列情形之一的，可以终结调查：
（一）违法事实清楚、法律手续完备、证据充分的；
（二）违法事实不成立的；
（三）作为当事人的自然人死亡的；
（四）作为当事人的法人或者其他组织终止，无法人或者其他组织承受其权利义务，又无其他关系人可以追查的；
（五）发现不属于本机关管辖的；
（六）其他依法应当终结调查的情形。
第四十五条【案件移送审查】终结调查的，案件调查机构应当提出已查明违法行为的事实和证据、初步处理意见，按照查处分离的原则送本机关处罚案件审查部门审查。
第三节 案件审查
第四十六条【案件审查的内容】案件审查的主要内容包括：
（一）本机关是否有管辖权；
（二）违法事实是否清楚；
（三）证据是否确凿；
（四）调查取证是否符合法定程序；
（五）是否超过行政处罚追诉时效；
（六）适用依据和初步处理意见是否合法、适当。
第四十七条【补充或重新调查取证】违法事实不清、证据不充分或者调查程序违法的，应当退回补充调查取证或者重新调查取证。
第四节 告知和听证
第四十八条【处罚告知和听证】在作出行政处罚决定前，应当告知当事人有关事实、理由、依据和当事人依法享有的陈述、申辩权利。
在作出暂扣或吊销许可证、较大数额的罚款和没收等重大行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利。
第四十九条【当事人申辩的处理】环境保护主管部门应当对当事人提出的事实、理由和证据进行复核。当事人提出的事实、理由或者证据成立的，应当予以采纳。 不得因当事人的申辩而加重处罚。
第五十条【处罚听证的执行】行政处罚听证按有关规定执行。
第五节 处理决定
第五十一条【处罚决定】本机关负责人经过审查，分别作出如下处理：
（一）违法事实成立，依法应当给予行政处罚的，根据其情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定；
（二）违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚；
（三）符合本办法第十六条情形之一的，移送有权机关处理。
第五十二条【重大案件集体审议】案情复杂或者对重大违法行为给予较重的行政处罚，环境保护主管部门负责人应当集体审议决定。