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－1－1
为0．5kJ·nm·mol，目的是使均方根偏差（root-mean-squaredeviation，RMSD）变化尽可能小。
HeraldofMedicineVol.31No.12December2012的标准偏差，标准偏差越大，可推测该类中药对于所测
相反，偏差越小反映出该靶点的的抑制作用波动越大，
类中药对于所测靶点都具有相似的作用。
2结果2．1
阳性对照组对接评分结果根据评分情况汇总，
1、JNK-3、P38、IKK、得到阳性对照结果，靶点JNK-LOX、COX-2、LTA4、PLA2平均评分分别为－7．
1．4
分子对接过程以IKK-β为例，选用了PDB序
列号：3rzf。选用了IKK-β与配体复合的三维结构模
型（ID：3RZF）。在参考其活性结合口袋的基础上，加氢、调整键序，选用OPLS_2005进行能量最小化处理对蛋白至RMSD为3nm以减少蛋白空间结构的冲突，
进行相关处理和优化；应用receptorgridgeneration面板生成活性口袋，具体参数设置为：以原配体为中心生成格点，然后取准备好的中药分子配体进行对接。蛋vanderWaals（vdW）范围设定为白和配体间Coulomb-1．0/0．8；标准精度（standardprecision，SP），每个配体进行虚拟筛选工作。最后记录评价得分仅对接一次，G-Score、结合能、氢键指标数据，按照得分高低进行排序，以评价中药分子与IKK-β的结合效应；同时参考文献，选取多个已证明有效IKK-β抑制药分子作为配1、JNK-3、COX-体对照，也进行相同的对接。对于JNK-2和P38采取相同的操作办法，分别选取序列号为2gmx、1pmn、6cox、1a9u的PDB文件，得到评分结果。PLA2，选用PDB序列号为1db4，在进行receptorgridgeneration面板生成活性口袋时，由于口袋中包含金属钙离子，已知钙离子与配体的作用对于酶活性抑制有着显著的相关作用，在此将对对接增加限制，设定所对接成功的配体需与钙离子有键作用，生成活性口袋，其后的对接工作如前。LTA4，选用的PDB序列号为3b7r，该蛋白的活性口袋中金属锌离子的存在对于酶的催化作用非常重要，同样也要在口袋生成过程中LOX，给予限制；5-选用PDB序列号为3o8y，首先对所
包括加氢、调整键构建的蛋白进行相关准备和优化，
序、能量最小化等；然后运用Sitemap寻找蛋白的活性
size，volume，enclosure，contact位点，并应用sitescore，等综合指标对列出的各个结合位点考察其合理性，并
参考文献报道的有关氨基酸残基结合数据，选定结合然后进行下一步的分子对接工作。位点，
在中药对接完毕后，选取各靶点多种选择性抑制药对相应蛋白进行对接，得到评分结果，取平均值后作为阳性对照组。1．5
分子对接结果评价方法对接得到中药与各靶点的初始对接评分，然后将经过处理得到平均评分。为了将没有对接成功的分子考虑在内，笔者引入校正评分。校正评分的定义是将没有对接成功的分子的GlideScore定义为它所属类别的中药在该靶点评分中的最差得分，然后重新计算得出的平均分，评分越是负值其对接结果越好。根据各中药校正评分的分值，算出每类中药评分
－7．60，－6．65，－7．41，－5．60，－9．63，－7．84，－10．44，
12分。
2．23类中药对各靶点评分情况3类中药对各靶点平均评分见图3，校正评分结果见图4，不同清热类中药的校正评分见图5，根据各中药校正评分，得3类中药评分的标准偏差结果见图6
。
Fig．3of
TCM
Theaveragescorewithtargetsofthethreetypes
图4
Fig．4ofTCM
3类中药对各靶点的校正评分
Thecorrectscorewithtargetsofthethreetypes
3讨论
首先由阳性对照评分与3类中药对各靶点的平均评分对比可以肯定该对接结果的可靠性。由3类中药