Clustal X：ClustalWWindows界面程序 FASTA：数据库中查找同源序列软件 GeneDoc：对序列进行相关分析等操作
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件 SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数 BioEdit：序列编辑器与分析工具软件 DAMBE：综合性序列工具软件 LaserGene：综合性序列工具软件 SeaView：图形化多序列队列编辑器
Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器 DNASIS：序列综合分析工具
Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具 Vector NTIViewer：载体查看软件 Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件 SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合 Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件 Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序 ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台 DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件
(10).进化树分析
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树 TreeView：进化树处理软件
GeneTree：比较基因与种系进化树的程序 NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序
TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序
Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件 Phyltools：计算与处理进化树数据的软件
tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具
ATV：JAVA语言编写的显示\与NHX格式的进化树文件软件 TREECON：构建和绘制进化树的软件包
ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件 (11).质粒绘图
Plasmid Processor：绘制质粒图软件
Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者 WinPlas：质粒绘图软件商业版 DMUP：环状质粒绘图软件测试版
Plasmid Toolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版 SimVector：质粒图绘制软件
(12).图像处理
Image Tool：科学用途的处理图像软件
Image J：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件 Cross Checker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(Amersham Pharmacia)图像格式转换软件 Band Leader：凝胶图像处理软件 Scion lmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件 Melanie 3 Viewer：免费Melanie图像查看器 Smart Draw：流程图绘制软件演示版 GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件 bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版 SigmaGel：凝胶图像分析软件 TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件
GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件 Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的JAVA软件 QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件 PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件
(13).数据处理
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件 Cliekh Graph：实验数据作图软件 Statistica：专业统计软件
GraphPad PRISM：著名的数据处理软件 NoSA：中文非典型数据统计分析系统 CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件
SigmaPlot：绘图和数据分析软件包30天全功能评估版 SYSTAT：数据统计分析与作图的利器30天全功能演示版 SigmaStat：智能统计软件30天全功能演示版 PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件 TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件 TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件
SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件30天全功能演示版 Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件 DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件
数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件
(14).检索与阅读
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件 Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件 ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件 PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件 NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件 EndNote：专业参考文献查询软件
Reference Manager：专业参考文献查询软件 Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件 MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)”JPG转换功能软件 Refs：参考文献管理软件
Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件 paperworks：免费的参考文献管理软件 KD：知识仓库建库管理系统
(15).基因芯片
AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组(Microarray)数据软件 ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件 TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件 AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件
(16).其他功能软件
digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式 Graph Paper：坐标纸打印软件
DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件 Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序 arlequin：人口遗传学软件
正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件 FBAT：家族遗传相联检验的统计程序 GGT32：图形化基因型表示软件
CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件 Jarnac：代谢过程模拟软件包
Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件 BCT：微生物趋向性模拟程序
StochSim：随机生物化学反应模拟软件
Bio_MW：生物化学分子量计算软件
MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件 Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件 MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件 Canvas：绘图软件
免疫室管理系统：中文免疫室综合软件 Cyrillic：家谱绘图软件
Frozen Cell Stock Monitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序
MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件 DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件 boxit：管理生物样品的数据库系统
GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件 健康药霸：药典类的软件 AceDB：基因组数据库软件
MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件 PED：系谱(Pedigree)绘制软件
PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件
quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件 BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件
MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件 MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件 ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件
ACD/CNMR Viewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMR Predictors预测的所绘化学结构式 Viewer：磁共振图谱文件的免费软件
WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件
TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件 Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件
gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件 生物五笔：生物医学专业输入法
(17).化学绘图
ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版
ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版 Chemfont：化学符号与TureType字体，可以在Word中直接插入文章中 clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片 ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件
AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称) ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件
MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序 ACD/Structure Drawing Applet：绘制化学结构式免费JAVA小程序 ChemPen：绘制化学结构式软件 ChemPen+：绘制化学结构式软件 ChemPen：绘制化学结构式软件
(18).化学应用
mmcalc.exe：分子量计算器 hxfc.zip：化学方程式配平软件
cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器 alkne.exe：有机化学命名练习程序
chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序 periodic.zip：小巧的元素周期表 ptab32.zip：高级元素周期表 CAF：计算机辅助配方软件 CFT：化学式教师
元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件
化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等 CRS：化学反应方程式配平器
Model ChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版 periodic.exe：免费的元素周期表
化学品电子手册：一个综合性的化学品手册
19.在线综合工具
Biology Workbench：基于WEB的生物学综合工具 sewer：网上常用在线工具集合，本地版
20.在线蛋白工具
BCM Search Launcher：蛋白序列二级结构预测综合站点 DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域 TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具
SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具
PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测
HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器
SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等
TMpred：预测蛋白序列跨膜区
TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋
The PredictProtein server：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务
SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器
PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务