在上图中点击C/C++ Indexer，出现如下图所示的窗口，在该窗口中，用户在Available Indexers下拉列表框中，可以选择可用的检索器，这里有三个选项，第一个选项是不使用Indexer；第二个选项是Fast C/C++ Indexer；第三个是Full C/C++ Indexer。各种Indexer的特点也给出了说明。借助于检索器，用户可以方便地找到程序文件中的相关信息。
System Library Properties的设置
在工程的弹出菜单中点击System Library Properties，出现下图的窗口
第3 节 运行和调试程序
调试/运行程序之前要把嵌入式系统的硬件系统下载到FPGA中。 程序的调试可以发生在下面的环境： Nios II Hardware——Nios II硬件。
Nios II Instruction Set Simulator——Nios II指令集仿真器。 Nios II程序的运行可以发生在下面的环境： Nios II Hardware——Nios II硬件。
Nios II Instruction Set Simulator——Nios II指令集仿真器。 Nios II ModelSim——在ModelSim软件环境下运行。
Debug As/Run As来实现同样的功能。?想要在哪个环境下调试和运行只要通过
鼠标右键单击Nios II工程，然后在弹出的菜单中选择Debug As/Run As，再选择相应的环境，用户还可以通过选择Run菜单
6.3.1 调试/运行环境设置
Debug?/Run?。如果选择执行Run菜单中的?但是在调试/运行程序之前，必须先对上述的调试/运行环境进行设置。方法是选择Run菜单 Debug?，出现下图的窗口，在窗口中，选中Nios II Hardware，双击或者点击快捷图标New launch configuration，就新建了一个硬件调试配置。对Nios II 指令集仿真器有同样的方法。
对调试环境的设置主要是Target connection和Debugger配置页。配置的首页是Main配置页，用户一般不用修改。选择Target Connection配置页，出现相应的窗口。JTAG Cable：进行JTAG下载电缆的选择。当只有一个下载电缆是，会自动选择，无需设置，当有多个下载电缆时，用户手动进行选择。
JTAG Device：进行连接在JTAG链上的FPGA器件的选择，本例只有一个器件，用户不用选择，当具有多个器件时，用户必须手动进行选择。
Nios II Terminal communication device：进行Nios II系统终端通信设备选择，本例选择jtag_uart。