1、 留一法 点击leave－one－out为红色
去掉use samples，在Column filtering中填入过滤值，建议为2（能量大于此值的分子将被过滤），在components 中填入主成分数，可以大一些，这是PLS的优点之一，即我们填入的主成分数过大，它也能自动找到一个合适的主成分数。最后在Analysis Name 中填入文件名。点击Do PLS，提示为PLS命名－ok 该过程较慢，需要耐心等待。
计算完毕，在shell中出现component 值和R2的值，注意此时的主成分数需要在下一步No－cross－validation中的component中填入。 2、非交叉验证：点击No－cross－validation
在上面的界面中点击No－cross－validation，填入上一步得到的主成分数，命名－Do PLS，当返回表格后，点击end
上面的结果，F值，立体场，静电场等会在shell中出现
第五步 查看CoMFA图
在分析表格中点击QSAR→View QSAR→CoMFA,出现下列表格
选择show sterics→show或show electrostatics，出现立体或静电彩图
第六步 平动转动：
1. 准备工作
程序文件：rotate.sh, rotate.spl, trans.sh, trans.spl, generate_box.awk
6
需要准备的文件：align.mdb, activity.txt
结果输出文件：rotate (graph.file, message ), trans (graph.file, message, original) 2. 具体步骤 2.1 转动
2.1.1 命令：sh rotate.sh
注意：可以改变的地方.dbname改成要进行转动的数据库；txtname为活性数据文件；output_file是结果输出文件名；increment为转动角度；select 是val的数目。此步生成很多数据库，完成后把没用的数据库删除。
其中调用的rotate.spl文件可以修改step_size, charge, probe_atom, min_sigma, principal_componet
2.1.2 结果分析：
graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的转动角度（0，30，60，90，……）对应着数据库的名字（0，1，2，3，……），例如下图中的第二行（30 0 0）对应数据库database1_0_0.mdb.
7
第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。
2.2 平动
2.2.1 命令：sh trans.sh
转动后得到最好的数据库基础上进行平动。同理转动，修改dbname, txtname, output_file, step_size, increment.
同理可以修改principle_component.
trans.spl中的
step_size, charge, probe_atom, min_sigma,
8
2.2.2 结果分析
graph.file文件中前三列是X，Y，Z轴的平动步长（0.00，0.20，0.40，0.60，……）对应着数据库的名字（0，1，2，3，……），例如下图中的第二行（0.00 0.00 0.20）对应的格点文件original中的r0_0_1.rgn.第四、五列是leave-one-out的主成分数和q2值。
找到最佳q2对应的格点r0_0_1.rgn，打开original文件，截取相应部分令存为trans.rgn，可以用于后续的交叉验证分析。
9
第七步 从工作站上抓图
进入工作的文件夹，再打开一个Unix窗口，Desktop→open Unix shell－在shell中运行下面两个程序：snapshot和imageworgs
在工作的文件夹下进入sybyl
打开数据库：file→database→open
调出叠合分子：analyze－data－base RMSD Fitting
调出经过最小二乘法后的活性数据表格： file→molecule spreadsheet→open 分别调出立体场合静电场的彩图，去掉其它分子，只剩下模板分子，改成ball 方法：view→mixed rendering→ball→all→ok
将光标放在snapshot上，压住左键下拉，将要抓的图圈住（前提是将彩图转到方便观看的角度）
右键 newfile name→*.rgb 右键 save as 文件名.rgb 点击 flower图标打开
file→open→*.rgb→accept 调出刚才的rgb 文件
file→save as→file format→TIFF→accept 将rgb文件格式改为TIF格式即可。
10