Lammps初学者——in文件中文解析
?1?初始化
Units?
Units命令是用来设定模拟的原子类型。
Units style?lammps现在提供的有style=LJ、real、metal、si、cgs、electron?
LJ是硬球模型
Real是真实的原子模型
Metal是金属原子模型
Si是硅半导体原子模型 Cgs
Electron是电子模型
Dimension?
Dimension命令是用来定义模拟的维度?默认情况为三维。
Dimension N ?N=2?3?
Boundary?
Boundary命令是用来设定模拟的边界条件。
Boundary x y z ?x?y?z=p?s?f?m四种类型中的一种或者两种?
P是周期性边界条件 S是自由边界条件?但是具有收缩性?
F是固定边界条件
M是具有最小值的自由边界条件?但是具有收缩性?
Atom-style?
Atom-style定义了模拟体系中的原子属性。
Delete-atoms?
Pair-style?
Pair-style定义了相互作用力场类型?即势函数。
?2?原子定义
1、
Read-data/read-restart?
Read-data或read-restart为从data或restart文件中读取内容来定义原子。 2、
Lattice?
lattice是用来原子类型构建模型晶格结构。
Lattice style scale keyword values...
Style表示点阵类型?点阵类型有none、sc、bcc、fcc、hcp、diamond、sq、sq2、hex、custom。
Scale表示构建的点阵类型的单位长度
Keyword表示后面可以追加0个或者多个关键字?关键字有origin、orient、spacing、a1、a2、a3、basis。
各关键字意思为?
Region?
Create-box?
Create-box命令用于在region box命令指定的区域内创建一个模拟的盒子。
Create_box N region-ID
N为使用该原子类型进行模拟
Region-ID为使用区域的ID使用模拟域
Create-atoms?
Create-atoms用于在所创建的模拟的盒子中填充某种原子。
Create_atoms type style args keyword values ...
?3?设定?
力场系数
Pair-coeff?
模拟参数
Neighbor Neighbor是定义
Neighbor skin style Skin为
Style可取bin、nsq、multi
Neighbor-modify?
Group?
Timestep?
Timestep是定义模拟的时间步长。
Timestep dt
Dt为时间步长?时间单位??默认为1ps
Reset-timestep? Fix
Fix为定义对部分原子或者对系综的操作。
http://lammps.sandia.gov/doc/fix.html
Fix ID group-ID style args
ID=指定的操作名称编号?如1、2、3…….?
Group-ID=制定操作范围的原子?如all……?
Style=操作内容?如何操作
Args=相关操作内容的相关操作参数 Fix-nvt?恒定N?原子数量?、V?体积?、T?温度?对时间积分
Fix-npt?恒定N、P、T对时间积分
Unfix?
Compute/compute-modify?
输出选项
Thermo?
Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。
Thermo N
每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件
Thermo_style?
Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容?即输出到屏幕或者LOG
文件中的内容。?http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html?
Thermo_style style args
Style=one、multi、custom
Args=特定的参数列表
One args=none
Multi args=none
Custom args=list of attributes
Possible attributes=step、elaosed、elaplong、dt、cpu、tpcpu、spcpu、
Atoms、temp、press、pe、ke、otatal、enthalpy、 Evdwl、ecoul、epair、ebond、eangle、edihed、eimp、
Emol、elong、etail、
Vol、lx、ly、lz、xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi、
Xy、xz、yz、xlat、ylat、zlat、
Pxx、pyy、pzz、pxy、pyz、pxz、
Fmax、fnorm、
Cella、cellb、cellc、cellalpha、cellbeta、cellgamma、
c_ID、c_ID[I]、c_ID[I][J]、
f_ID、f_ID[I]、f_ID[I][J]、
V_name
Dump?
Dump命令主要是用来输出计算后单个原子的相关信息的。
Dump ID group-ID style N file args
ID?自己给这个dump命令定义的一个代号?自定义?
group-ID?那些信息需要被输出的原子群?预先定义好group?
Style?类型
N?每经过多少时间步输出信息
File?输出名称 Args?相关参数?每个类型不同?
Restart?
?4?运行