插值至解剖像分辩率和翻转至 解剖像轴像)。
(2) Define OverLay窗口(右图)
(3) Define DataMode窗口(下图)
Plug-ins 功能(具体功能见后面的数据分析步骤)
(4) 图像和图表窗口 图像(Image)窗口
Disp用于改变显示方式，Mont (Montage)用于对Slice进行剪切(顾名思义，同电影剪切一样)，如同时显示2行4例，再设置一定的间距(spacing)，可以美观地显示结果。 图表(Graph)窗口
其中，Opt用于控制显示选项，FIM用来提供对功能数据集的交互的统计计算(详见后述)。 (5) 其它窗口(如to3d, Draw Dataset, Render等)，分别见后面数据分析步骤。
3.3 在Batch模式下使用AFNI命令 3.4 AFNI的Plug-ins(见上述) 4. 数据分析基本原则
(请参考PDF文件) 5数据处理基本步骤
(1) 原始功能像的重建(reconstruction of raw functional images) (P-files) (2) 转换成AFNI格式(conversion to AFNI format)
(3) 功能像层面时间校正和运动校正(slice timing correction and motion correction of functional images) (4) 功能像的时间域滤波(temporal filtering of functional images) (5) 功能像的空间平滑(spatial blurring of functional images) <可选>
去除头皮外伪影、时间序列时间点数据的标准化(difference/mean)、多个run的数据连接及去线性漂移可在该步骤后进行。
(6) 单个被试通用线性模型分析(single-subject analysis with GLM)及结果显示
可以对得到的图像进行提取clusters、渲染(render)及剪辑(montage)，以达到最美观的效果。 (7) 变换至Talairach坐标系(/空间归一化或标准化)(Talairach transforming /Spatial normalization) (8) 统计图的空间平滑 (spatial blurring of statistical map) <可选> (9) 各被试统计图的组分析 (Group analysis of individual statistical maps)
在整个分析过程中，我们应该利用AFNI优秀的可视化功能对数据进行visual check。 5.1 原始功能像的重建
Scanner保存的功能数据通常以K空间形式。也就是说，数据实际上是图像数据的Fourier变换。可使用epirecon将K空间的图像进行Fourier变换生成图像。Epirecon也可以进行对不同类型的图像变形做校正。另外除了直接调用epirecon外，还可以调用sip程序，通过sip再转而调用epirecon。Sip程序同时建立一些标准的目标和日志文件，这些在以后的分析和调试中都十分用用。
其它一些与图像重建及格式转换有关的软件包括：MRIcro, ezdicom, dicom2, etc. 有关DICOM图像标准，参见附录1。 5.2 转换成AFNI格式(with program to3d) 记录实验日志很重要，这对数据分析很有帮助。
(1) 复制图像文件、排序
将光盘中的数据复制到硬盘并分类。
(笔者注：一般可根据文件大小确定图像类别，如通常最大的文件为功能像，因为它同时包含多个层面，并且文件数通与时间点数一致；其次中等大小的文件为3D像，因为其分辨率较高，通常为128个；最小的文件为解剖像，通常为20个。将三种类别的图像分别分类放到3个目录中，分别起直观简洁的目录名，如xx-epi, xx-3d, xx-ana，xx为被试名称或ID。)
3D像(spoiled grass, SPGR)：128 items； 解剖像(FSE ? )：20 items (注：以扫描所得的层面数而定)
功能像(EPI): 如果是多个run就可以命名为run1, run2, … …，文件数通常与TRs数目一致。
举例，在记录fMRI研究中，实验设计为：
提示实验开始(2s)--?系统饱和>[提示(2s)-->呈现记忆材料(40s)-->提示(2s)-->回忆(30s)-->提示(2s)-->基线(20s)]-->结束(2~6s) ―[……]‖中步骤重复6次。
TR为2s，则共有299个时间点，则有299个图像文件。
由于描扫方式不同(如隔行扫描)，所以生成的图像文件需要进行重新排序，可以用dicom2文件查看图像并生成包括头信息的同名txt文件，再用rnxpc程序进行排序。(rnxpc源程序参见附录2) (2) 使用t3d创建解剖数据集(SPGR的3D像和FSE解剖像)
(笔者注：各厂商生产的Scanner，原始文件名称不同，如GE的I.*文件 和Simense 的*.IMA文件) 进入已经排序的3D或解剖像目录(cd xx-3d或cd xx-ana)后，直接键入to3d *，出现to3d程序界面：
该例中，to3d已从图像文件的头信息获得必需的信息，所以不需再进行参数调整，只需在窗口的底部填写session directory(session目录)和prefix(前缀)。(笔者注：可点击View Images按钮查看图像)
对于无头信息的裸图像(naked images)，则需进行参数设置，这时记录翔实的实验日志非常关键。执行to3d命令后出现界面：