蛋白质序列PIR和PDB使用方法 - 图文(2)

2019-08-30 21:44

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PIRSF Number PIRSF Name PIRSF Size PIRSF Hierarchy Taxonomy Range Length Range Keyword 蛋白质序列的PIRSF ID号 蛋白质序列的命名 蛋白质序列的大小 蛋白质序列PIRSF等级 蛋白质序列的分类范围 蛋白质序列的长度范围 关键字 Representative member 代表成员 种子成员 Seed Members 以及其他相关信息在此不一一列举 蛋白质序列下载

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蛋白质结构数据库PDB简介

蛋白质数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库。这些资料和数据一般是世界各地的结构生物学家经由X射线晶体学或NMR光谱学实验所得,并释放到公有领域供公众免费使用。

蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库,由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问,是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威,各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上,还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库,例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。

Protein Data Bank(PDB)的历史可以追溯到1971年,当时Brookhaven国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后,Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月,Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年10月,PDB被移交给了Research Collaboratory for Structural Bioinfor-matics(RCSB),并与1999年6月移交完毕,新的负责人是Rutgers大学(RCSB成员)的Helen M. Berman。2003年,PDB作为wwPDB的核心,成为了一个国际性组织。同时,wwPDB的其他成员,包括PDBe、PDBj、BMRB,也为PDB提供了数据积累、处理和发布的中心。值得一提的是,虽然PDB的数据是由世界各地的科学家提交的,但每条提交的数据都会经过wwPDB工作人员的审核与注解,并检验数据是否合理。PDB及其提供的软件现在对公众免费开放。

PDB应用

首页介绍:主要包括页首All Categories(所有分类)、 Author(作者)、 Macromolecule(大分子)、 Sequence (序列)、Ligand(匹配);页中features molecules(特征分子,可以以多种形式查看)、explore archive(以各种方式搜索存档)、latest structures(最新序列);以及左侧的PDB-101、MyPDB等;右侧的new structures(新结构)new features(新特征)等;在搜索框中输入相关的ID、大分子名称、作者等即可查询相关蛋白质结构;

蛋白质结构搜索

以PDB最新结构4DK6为例:搜索结果可点击相关标题进行查看相关信息,主要包括summary(综述)、sequence(序列)、annotations(注释)、seq.similarity(相似序列)、3D similarity(相似三维结构)、methods(方法)、links(链接)等;

主要引文

分子描述

来源

相关蛋白ID,点击可进入

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