现已知道，真核生物的启动子和增强子都是通过和细胞内特定蛋白质因子相互作用而产生调控效应的。由此可以推测，作为边界元件的绝缘子的调控作用，也必然与蛋白质因子有关。Laemmli和Zhao首先从果蝇中分离到与SCS’序列特异结合的蛋白质因子。同时也发现了suHw和mod(mdg4)座位编码的两种蛋白质对绝缘子gpysy具反式调节作用。首先，suHw蛋白同绝缘子gpysy上的靶序列结合，导致无方问性的抑制效应，然后mod(mdg4)蛋白同suHw蛋白相互作用，最终产生抑制增强子极性的作用。绝缘子的调控是一个复杂的过程，它是由许多蛋白质因子参与的。进一步阐明其作用机理还有待今后大量深入的研究工作。
真核基因表达的调控机制仍是目前生物科学的一个研究热点，人们最终将会全面认识这一过程的分子机制，并能明确阐明细胞发育分化的机理，认识某些疾病的发病机制。