府强迫史泳赓出让51%股份给政府，实行官商合办，彻底改变了74年来申报的民营性质。同时，在此基础上，改组申报董事会，调整报社工作机构，政府委派杜月笙任董事长，陈冷任发行人，潘公展任社长兼总主笔，陈训悆任总经理兼总编辑。而史泳赓则转任副董事长。 1949年5月25日，解放军接管上海苏州河南岸市区，中共委派工作组进入报馆。由于此时《申报》已为中国国民党官方报纸，因而终刊必在意料之中。5月27日，《申报》出至第25599号后宣布终刊。翌日，中共中央华东局兼上海市委机关报《解放日报》在申报馆原址上出版第一期。 《申报》影响
《申报》从发刊到终刊，历时78年，出版时间之长，影响之广泛，同时其他报纸难以企及，在中国新闻史和社会史研究上都占有重要地位。因《申报》见证、记录晚清以来中国曲折复杂的发展历程，被人称为研究中国近现代史的“百科全书”。
《申报》在创办初期，通过杨乃武与小白菜一案的报道，轰动朝野，展现了报纸媒体在新闻传播与舆论监督方面所起到的重大作用。及至史量才时代，《申报》以“无偏无党”“独立之精神”为办报宗旨。《申报》所倡导的舆论的“独立”对中国近现代报业的发展作出了不可磨灭的贡献。
在报道方面，《申报》坚持以新闻报道为主体，坚持新闻的客观公正是维持一个媒体地位最可靠的因素。这也就是《申报》能在新闻界屹立78年而不倒的根本原因。在“杨乃武一案”中，《申报》逐渐通过客观的新闻报道而非市井猎奇，向国人和同仁展示了近代报纸应有的新闻报道标准。成为近代华文报纸模仿和学习的楷模。
而在经营方面，早期《申报》的成功经营，挤垮了字林洋行创办的《上海新报》，迫使其新办《沪报》，《沪报》为了应对《申报》的竞争，也采用同样的本土化方法，并从《申报》挖人。此外在《申报》的影响下，英国商人与中国商人张叔和等合资创办的《新闻报》，也大力模仿《申报》。
由于早期《申报》在沪的巨大影响，在上海话中将报纸称为“申报纸”。