白沙抗日根据地的建立
中共中央极为关切琼崖革命根据地的建设，特别是五指山根据地的建设。1940年，庄田、李明从延安返琼时，周恩来就指示：“必须以毛泽东的军事思想，逐步把五指山革命根据地建设好”。但由于日本侵略者占领琼崖后，国民党当局纷纷逃往白沙山区，中共琼崖特委及所领导的独立总队全力抗日，无法分兵进入白沙。1944年春天，特委派第四支队第一、第二两个大队进入白沙县的阜青和龙头两乡，发动和组织黎苗同胞，打击和赶走国民党驻该地的顽固派，建立阜龙乡抗日民主政府。3月，白沙县临时抗日民主政府成立，吴文龙任县长，王国兴任副县长。白沙县临时抗日民主政府的成立，标志白沙抗日根据地的建成，证明了中央指示和特委决策的正确性，不但很快迎来了抗日战争的胜利，而且成为后来解放战争时期建立五指山中心根据地的基础。
同年秋，中共琼崖特委根据中央指示，将广东省琼崖游击队独立总队改为广东省琼崖游击队独立纵队，冯白驹任司令员兼政治委员，庄田任副司令员，李振亚任参谋长，王白伦任政治部主任，陈石为副主任。独立纵队下辖4各支队共5000余人。独立纵队成立后进一步加强军事、政治和后勤机关的建设，明确独立纵队中心任务就是以建立白沙抗日根据地为中心，发展全琼抗日斗争。
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五指山革命根据地的全面建立
中国人民经过艰苦卓绝的浴血奋战，付出巨大的代价和民族牺牲，终于迎来抗日战争的最后胜利。琼崖人民经过抗日战争，革命力量也不断壮大和发展。
1946年2月14日，国民党四十六军悍然撕毁“双十协定”和“停战协定”，出动5个团的兵力，分四路向白沙解放区发起大规模进攻，琼崖内战全面爆发。中共琼崖特委分析了敌强我弱，双方力量异常悬殊的形势，指出内战局势十分严峻，决定分散斗争，向外出击，争取主动，打击敌人的方针，使自卫战争取得主动，先后抗击了国民党四十六军的大举进攻，击退了国民党对解放区的进攻和挫败了国民党蔡劲军部对解放区的重点进攻，在五指山全面建立革命根据地，为配合中国人民解放军第四野战军渡海作战解放海南作出了极大贡献。
1946年9月，中共琼崖特委同中共中央恢复了无线电联系。1947年4月上旬，中共中央决定将琼崖特委改为琼崖区党委，直属中共中央和香港分局领导。
1947年5月9日至26日，为了系统地总结琼崖革命的基本经验，为建设五指山中心根据地和向全琼发展、夺取全琼革命胜利做准备，根据中共中央指示，中共琼崖第五次代表大会在白沙县第二区红毛乡（今琼中县红毛镇）报茅岭举
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行。出席会议的正式代表24人，琼崖党政军领导机关负责干部及各县委、各支队的主要领导人列席了会议。会议根据中央指示精神和琼崖具体情况，作出关于建设解放区军事、政治、经济、涂改、民运、党务和巩固发展五指山革命根据地及召开琼崖独立纵队首次代表大会的决议。会议选举产生了中共琼崖区委员会，对琼崖独立纵队各支队军政主官和部分县委县政府主要领导人进行调整。1947年10月20日至11月30日，琼崖独立纵队在白沙县第二区红毛乡便文村（今属琼中县什运乡）召开广东省琼崖游击队独立纵队首次代表大会。
大会结束后，琼崖纵队根据中央军委的指示和首次军代会精神进行扩编，加强了司令部、政治部领导机构，建立了后勤部。冯白驹任司令员兼政治委员，李振亚、吴克之任副司令员，马白山任参谋长，符振中任副参谋长，李明任政治部主任，陈青山任副主任，谢凤池任后勤部主任，郭汉忠任副主任。纵队下辖3个总队，8个支队和1个警卫营。琼崖纵队在扩编中补充了大批兵员，使队伍发展至7500余人。
配合野战军渡海作战解放海南岛
1949年10月17日，第四野战军第十五兵团解放广州后的第三天，毛泽东即致电林彪：“??使十五兵团易于攻取海南岛，消灭残敌，平定全粤。”
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1949年12月下旬，就在第四野战军雄狮浩浩荡荡地向雷州半岛挺进的同时，琼崖区党委和琼崖纵队接到中央军委关于接应野战军渡海登陆的命令。1950年1月3日又接到华南分局指示，琼崖“应集中全部力量，进行迎接并支援大军渡海作战解放琼崖之准备工作”。在此前后，十五兵团委托奥桂边纵队派其参谋处长、原琼崖纵队干部王山平携带电报密码等偷渡至琼，与琼崖纵队建立了无线电联系。琼崖区党委立即在五指山解放区的毛贵（琼崖区党委、临时人民政府和琼崖纵队司令部驻地,今属五指山市毛阳镇）召开党政军负责人会议，传达了中共中央、毛泽东主席的指示，分析了琼崖的形势，对如何做好迎接野战军渡海作战的各项准备工作，进行了详尽的研究和讨论，作出《关于配合大军渡海解放全琼的紧急工作指示》。
1950年3月初，薛岳以11个师的兵力防守琼岛周围2000余里海岸，构成海防工事，已开始以海空军昼夜巡逻、联合封锁琼州海峡，防止野战军渡海登陆，并集中机动部队向琼崖纵队活动中心地区加紧压缩搜剿。为了支援琼崖军民反击国民党军的进攻，加强岛上部队接应力量，摸索渡海作战经验，为大规模登陆作战创造条件，十五兵团党委研究决定：抓紧当前尚有北风的有利条件进行偷渡；报请上级批准由两个军各先以一个加强营兵力，分别向海南岛东西两侧实施偷渡。
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冯白驹接到十五兵团的电示后，立即向十五兵团和四十军发出电报，提出登陆点应明确决定，便于琼崖纵队接应配合，并建议野战军利用这个有利时机，向白马井至海头港一带海岸潜渡登陆较适当，且便于登陆后向白沙解放区转移。十五兵团指挥所采纳了冯白驹的建议。一切准备工作就绪后，决定先由四十军派出一个加强营，于3月初起航，预定在白马井西南一带海岸登陆。琼崖纵队决定由活动在西区的第一总队负责接应，并派出琼崖纵队政治部副主任陈青山到第一总队加强接应的组织工作和作战指挥。
3月6日下午2时，四十军一一八师三五二团一个加强营（渡海先锋营）的799名指战员到达预定登陆点白马井，冒着敌机、敌舰和地面的密集火力封锁，强行登陆。担负接应的琼崖纵队第一总队八、九团密切配合渡海先锋营，两面夹攻，打退了国民党军猛烈的陆空阻击，海岸守军纷纷溃逃。当日下午，两支部队在海边胜利会合。首批渡海部队胜利到达阜龙乡，居住在周围的黎族同胞纷纷前往慰问，有的挑来粮食，有的送来猪肉，有的送来芭蕉、芒果、菠萝蜜等水果。一位黎族老大爷高兴地牵来一头牛，要送给部队宰肉吃。部队领导知道黎族同胞生活很困苦，再三婉言谢绝。老大爷说什么也不答应，把牛牵回去杀了，挑着牛肉送来。渡海先锋营驻地一片欢腾。
野战军第一次潜渡成功并与琼崖纵队会师，“是琼崖人
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