院，聘请医护人员，募集器材药品，收容了这三百多名负伤战士。同时，战地横尸遍野，狗鼠啮食，惨不忍睹，佛教界又成立了掩埋队，掩埋战地遗尸。
十月下旬上海战事逆转，圆老率救护队撤至南京，继而撤到汉口，并在汉口成立了第二救护队。当时战局紧张，救护队经费无著，圆老奉国府林子超主席函，嘱他将救护队交付其他法师领导，希望他到南洋募化救护队的医药费。十一月中旬，圆老带著林主席的三封亲笔函赴南洋，他的剃度徒明旸法师随侍。十一月十七日抵达新加坡，受到佛教大护法李俊承居士的接待。十二月初，在新加坡总商会演讲，号召炎黄子孙，共赴国难，成立了「中华佛教救护团新加坡募捐委员会」，汇款到汉口，维持救护队经费。在新加坡募捐期间，侨领陈嘉庚倡议成立「新加坡抗日救国募赈会」，予圆老以极大的支持。而狮城诸山长老转道、转解、宏船、广洽等，也发动信徒捐输。
继而到吉隆坡，得到侨领胡文虎、文豹兄弟的支持，热诚捐输。商会会长黄重吉也号召组织「筹赈会」，响应捐献。由吉隆坡再到槟榔屿，侨领邱善佑、朱和乐、林佑春、谢应嘉等居士，及诸山真果、伯圆、华智、慈航诸法师，均大力支持，宣传救国赈灾，获得侨胞踊跃捐献。是时已到了一九三八年春天，三月下旬，槟城首刹，建於清季光绪年间的极乐寺，选圆老出任住持。极乐寺是鼓山涌泉寺下院，是圆老的戒师妙莲老和尚所创建，如今圆老出主此寺，也有极深的因缘。
一九三八年七月，圆老应上海中国佛教会函促，返回上海。首先视察了收容所、佛教医院、掩埋队，各处工作情形令他满意，但最大的问题仍是经费困难。圆老为鼓舞工作人员的士气，声称经费由他负责筹募。是年九月，他又带著弟子明 ，再度赴南洋，向各地侨胞报告国内救护机构情形，并发起「一元钱救国难运动」，由各地募账会收款汇到上海。一九三九年春，复由新加坡渡海到印度尼西亚，於棉兰、日里坡等处弘化及募捐。六月返国，途经菲律宾马尼拉，受到早年天童寺同参性愿法师的接待。
八月回到上海，未久之後，有无耻汉奸向南京日寇宪兵总部告密，称圆瑛曾到南洋募款百万，资助重庆的抗日政府。是以十月十九日，上海的日寇宪兵队，以七部汽车载著荷枪实弹的宪兵，将圆明讲堂团团包围，入内把圆老及明 法师逮捕，解往南京的日寇宪兵总部。在南京受到日寇宪兵的刑讯，圆老不为所屈，从容陈辩，表现了佛子为法度生的坚贞气节。在狱中除应讯辩论外，他每日结跏跌坐，提起慧照，观照身心皆空，置生死於度外，了无罣碍。是时上海佛教人士也极力营救，日寇也慑於圆老在国内外的声望，不敢加害，於十一月十日将他和明 同时释放。
回到上海，仍驻锡圆明讲堂。沪上佛门缁素，纷纷登门慰问，圆老对众表示，他今後将谢绝事务，专修净土和从事著述。他先後致函福州鼓山涌泉寺，辞去方丈职务，及致函中国佛教会，辞去理事长及灾区救护团团长等职务。一九四○年三月，圆老的缁
素四众弟子，为了支持圆老著书立说，特於圆明讲堂成立了“圆明法施会”，行印《圆瑛法汇》及各种佛经，广为流通。
在日本投降以前几年中，圆老在圆明讲堂中念佛著书。一九四二年五月，应天津居士林林长靳云鹏居士之请，乘火车北上天津，在居士林讲《阿弥陀经要解》及《圆觉经》。九月又应北平佛教人士之请，转赴北平，受到佛教各寺院及社团的欢迎，作了多场演讲，并应净宗大德夏莲居老居士之邀，在崇俭素食会讲《净土法门自修之经验》；及应北平中国佛学院院长周叔伽居士之请，对全院师生发表演说。直到是年年底，始返回上海。
日本投降前一年，圆老感於弘法人才缺乏，培育僧材实为当务之急，因有筹办楞严专宗学院之计画。一九四五年元月，发表《上海圆明楞严专宗学院缘起》，此文发表，京、沪、杭、宁各地青年学僧报名者百馀人，二月考试，录取三十二人，夏历四月八日佛诞日开学，圆老编写《楞严经讲义》，逐日亲自讲授。圆老一生听《楞严》，学《楞严》，以至於讲《楞严》，在以後数年中，编著《楞严经讲义》二十四卷，故有“楞严座主”之称号。
是年八月十日，日寇战败，宣告无条件投降，中国八年抗日侵略战争获得最後胜利，圆老赋诗以庆∶
福慧从兹归净土，布施广结众善缘， 精进不退归净土，管教直上紫金莲。
一九四七年，夏历五月为圆老七十寿辰，四众弟子为他举行庆祝法会，他辞之不得，唯有随缘听之。寿诞之日，诸山长老、社会名流均光临庆贺。圆老作《七十口占》∶
行年七十老头陀，满眼风光会也麽？ 万法皆空忘物我，寸丝不挂泯机梭。 穿衣吃饭西来意，瞬目扬眉一笑过； 任运随缘消岁月，了然无佛亦无魔。
一九四九年，国｜民｜政｜府退迁台｜湾，中华人民共和国始政，圆老留在上海。一九五一年辛卯岁，其晚年力作《楞严经讲义》出版，流通海内外。一九五三年六月，北京成立中国佛教协会，推举他为会长，事实上他人在上海，已经近入灭。八月中，嘱其徒明旸法师曰∶“我们出家人，生归丛林死归塔，我决意要回天童，你赶快设法送我去。”
八月二十日回到宁波天童寺，延至九月十九日（癸巳岁八月十二日）晚十一时，在大众念佛声中安详示寂，世寿七十六岁，僧腊五十八夏，戒腊五十七夏。
最后附上大师参禅的偈颂： 结冬起禅七（一）
天寒地冻好参禅，巨冶宏开锻圣贤，烈焰红炉看点雪，一堂龙象气无前。
结冬起禅七（二）
棘标横担不顾人，直入千峰万峰去，逼到山穷水尽时，那怕没有出身路。
结冬起禅七（三）
选佛场中无别事，总期及第悟心空，忽然摸著娘生鼻，一窍通时窍窍通。
结冬起禅七（四）
太白峰前选佛场，红炉点雪事非常，圣凡转换无他术，只歇心头一念狂。
结冬起禅七（五）
般若炉开锻圣贤，人人参究未生前，若明法法唯心旨，瓦块砖头尽是禅。
结冬起禅七（六）
也大奇兮也大奇，自家面目自家知，何须唤取木人问，眼下鼻尖眼上眉。 参禅（一）
参禅直下达根源，圣解凡情两不存，大道休从心外觅，湛然寂照便归元。
参禅（二）
欲知父母未生前，一段真机体自然，且向情关未动处，轻轻著眼试参研。 参禅（三）