土壤中生活的微生物及其在生物循环、土壤肥力和环境保护中有重要的作用。
土壤中的残根及翻进土壤中的植物地上部分，在它们没有发生变化的状态下，对于土壤肥力的影响是比较小的，更大的影响是在它们腐烂分解（主要是微生物的作用）时产生的。
一、土壤是微生物生活的良好环境
生活在土壤中的各种微生物,它们各自有不同的生理习性,群的组成成分和数量各不相同。
1、细菌 土壤中细菌占土壤微生物总数量的70—90%。 2、放线菌 土壤中放线菌的数量也很大，仅次于细菌。
3、真菌 真菌广泛分布于土壤耕作层中，真菌是土壤微生物中第三个大类。 4、藻类 土壤中发育有许多藻类,大多数是单细胞的硅藻或呈丝状的绿藻和裸藻。 5、原生动物 土壤中的原生动物，包括纤毛虫、鞭毛虫和根毛虫等类，它们都有是单细胞的，并能运动的微生物。
二、土壤中生物残体的腐烂分解。
土壤每年接受大量生物残体，它们主要通过土壤微生物的作用腐烂分解而无机质化，同时形成腐殖质；腐殖质又被分解，无机质化。
1、植物残体成分及其分解 植物残体它们在土壤中腐烂分解的强度随不同的材料和土壤环境(水.肥.气.热条件)而变化。进入土壤中的生物残体，由微生物分别地、接力地分解之。 2、有机物中氮、磷成分的矿化
进入土壤的生物残体有氮、磷、硫和其他植物营养元素的有机化合物。它们的无机质化（矿化）是植物营养的主要来源,如果有机残体中的C：N比例小于25：1。则微生物在分解这些植物物质时，除了吸收一部分氮素合成身体的蛋白质外，同时释放出无机氮，提高了土壤无机氮含量，提高了下一茬作物的速效氮素养料水平。
三．土壤有机质分解中的起爆效应
以腐殖质为主的土壤有机质不断地在形成、分解和矿化的过程中，矿化的结果产生碳、氢、氧、磷、硫等的无机化合物。有机肥料施用，作物残茬和绿肥翻耕之后引起土壤矿化强度高峰的发生，矿化高峰发生的迟早、高峰的强弱和持续时间的长短，决定它们提供植物矿质养料的特点，就氮、磷养料而言，其特点体
现在肥效发生的迟、早、猛、缓，等，在有些情况下“起爆作用”也可能是负值，即促退了原有土壤有机质的矿化。
四、腐殖质的形成和分解
以腐殖质为主要和稳定成分的土壤有机质含量处于不断形成、分解的过程中；在比较稳定的环境里，含量水平是相对稳定的。