散并迁回平津，傅斯年任北大代理校长，欲替胡适回国主持校务扫清障碍，严格执行他所说的“北大决不录用伪北大的教职员”，认定“汉、贼不两立”，而周作人恰在此列。
1938年，傅斯年担任国民参政员，曾两次上书弹劾行政院长孔祥熙，上层虽不予理睬，但后来还是让他抓住了孔祥熙贪污的劣迹，在国民参政大会上炮轰孔祥熙并最终把孔轰下台。孔的继任者宋子文也难逃此数。傅斯年一篇《这个样子的宋子文非走不可》，朝野震动，宋子文也只好下台——一个国民参政员一下子赶走两任行政院长，历史上也是并不多见的。
自北大毕业后，傅斯年考取了官费留学。从1919年至1926年，他先后留学英、德。留学期间，傅斯年一心扑在学习上。据赵元任夫人杨步伟在《杂忆赵家》中记录。当时的留学生大都“不务正业”，无所事事就鼓励大家离婚，但这么多留学生中，真正全副精力用来读书、心无旁骛不理会男女的只有陈寅恪和傅斯年，以至于有人把他俩比作“宁国府大门口的一对石狮子”。在“许多留学生都以求得博士学位为鹄”的世俗风气中，傅斯年连个硕士学位也没拿到。但是，没有人不佩服他的学问渊博。
傅斯年先生疼爱学生是众所周知的。1950年12月20日傅斯年因脑溢血猝死于台湾大学讲台，新闻报道曾广播说“傅斯年先生弃世”，被其学生听成了“傅斯年先生气死”。于是台湾大学学生聚众要求校方惩办凶手，直到当时台湾国民政府官员出面解释清楚，学生才退去。由此可见傅斯年先生深受学生喜爱。
傅斯年任历史语言所所长二十三年，培养了大批历史、语言、考古、人类学等专门人才，组织出版学术著作70余种，在经费、设备、制度等方面都为历史语言所的发展做出了重要贡献。组织第一次有计划、有组织的殷墟甲骨发掘，其后先后发掘十五次，大大推动了中国考古学的发展和商代历史的研究。傅斯年还将明清大库档案资料争取到历史语言研究所，组织进行专门整理，使明清史研究取得了突破性的进展。
傅斯年在历史学研究方面，主张“上穷碧落下黄泉，动手动脚找材料”，重视考古材料在历史研究中的作用，摆脱故纸堆的束缚，同时注意将语言学等其他学科的观点方法运用到历史研究中，取得较高的学术成就，在现代历史学上具有很高的地位。 主要著作有：《东北史纲》（第一卷）、《性命古训辨证》、《古代中国与民族》（稿本）《古代文学史》（稿本）；发表论文百余篇，主要有：《夷夏东西说》、《论孔子学说所以适应于秦汉以来的社会的缘故》、《评秦汉统一之由来和战国人对于世界之想象》等。有《傅孟真先生集》六册。
编辑本段著作列表
——《青年的两件事业》，《晨报》，（7月3日，5日，1920年）
——《周东封与殷遗民》，《傅斯年全集》（以下简称《全集》），3：894—903页。
——《中西史学观点之变迁》，《傅斯年档案》，II：945。
——《中国近三百年对外来文化之反应》，《傅斯年档案》，I：708。
——《发刊词》，《中山大学语言历史学研究所周刊》，1，（1927年），3。 ——《傅孟真先生集》，台北，1952年，5卷本。 ——《傅斯年全集》，台北，1980年。
——《傅斯年选集》，台北，1967年，10卷本。 ——《傅斯年学术论文集》，香港，1969年。
——《先秦文籍的演化》，“傅斯年档案”，I-433。
——《性命古训辨证》，《全集》，第二册，492--736页。 ——《夷夏东西说》，《全集》，第三册，823-893页。
——《留英纪行》，《晨报》，（1920年8月6日、7日）。
——《论哲学门隶属文科之流弊》，《北京大学日刊》，（1918年8月10日）。 ——《论豪门资本之必须铲除》，《观察》，2：1（1947年），6-9页。
——（孟真）《美感与人生》，《晨报》，（1920年7月7日、8日、9日、10日。）
——《欧游途中随感录》，与史语所的行政文件混在一起，没有序号。
——《社会革命：俄国式的革命》，《新潮》，1：1（1919年），128—129页。 ——《时代的曙光与危机》，王泛森与杜正胜合编：《傅斯年文物资料选辑》，台北，1995年，34页。
——《宋子文的失败》，《世纪评论》，1：8，（1947年），5-7页。 ——《大东小东说》，《全集》，第三册745-758页。
——《谈两件努力周报上的物事》，《古史辨》，北京和上海，1926-1941年，7卷本，第二卷288-301页。
——《东北史纲》，北京，1932年，此书由李济改写为英文。《历史上的东北：一个大纲》（北京，1932年）
——（孟真）《要留学英国的人最要先知道的事》，《晨报》，（1920年8月12日、13日、14日、15日）
——《禹贡九州释名》，“傅档”，II-637。
傅斯年，李济，董作宾，梁思永，吴金鼎，郭宝钧，刘屿霞，《城子崖》，南京，1934年。
《傅斯年先生二、三事》，《傅故校长哀挽录》，台北，1951年，6—7页。 “傅斯年档案”，台北，中央研究院，历史语言研究所。
编辑本段人物信摘
傅斯年在给王献唐信（1931/4/21）中谈及学术流变，对明代学人
傅斯年著作2
有所肯定：“弟以为近千年来之实学，一炎于两宋，一炎于明清之际。两宋且不论，明中世后焦竑，朱谋珒，方密之实开实学之风气。开风气者能博不能精。然朱书一部分虽佚，而方君所引及其未佚之书，实是伟大。朱氏《水经注笺》，亭林称之为有明一部书者，久而愈觉其可信。方之见解亦有其博大处。若非有此君，亭林西河诸人，亦焉能早岁便即从事朴学也？大约开风气者，必有大力，必多误谬，后人但执一件一件之事而评明贤，转忘其整个的立场，所系实大，斯后学者之过也。亭林百诗谨严了许多，同时亦将范围缩小了（亭林尚不如此。百诗死于一物不知，实则百诗比其朱方诸人来见闻陋矣。）然此时问题仍是大问题，此时材料仍不分门户也。至乾嘉而大成，亦至乾嘉而硬化，专题能精研之，而忘却整个的立场。至于王段诸人，而朴学观止。此后如再开大路，非（一）有大批新材料使用不可；（二）或一返明清之季之风气，扩大其范围，认定大题目。能利用乾嘉朴学之精诣，而不从其作茧自缚之处。否则流为琐碎，而不关弘旨；流为今文，而一往胡说。琐碎固是朴学，今文亦是家法，然其末流竟如此无聊也。”
编辑本段生平趣事
体胖
大概在学者中间，傅斯年的体胖是有名的。一次罗家伦问他：“你这个大胖子，怎么能和人打架？”傅斯年答：“我以质量乘速度，产生一种伟大的动量，可以压倒一切！”这样的话真是能给肥胖的人壮气。
不过，关于傅斯年之胖的故事还属以下这则最为有趣。傅斯年、李济还有一位裘善元同在重庆参加一个宴会。宴会结束，主人特别为他们三个人雇好了滑竿。六个抬滑竿的工人守在门前。第一个走出来的是裘善元，工人们见他是一个大胖子，大家都不愿意抬，于是互相推让。第二走出来的是李济，剩下来的四个工人看比刚才出来的还胖一些，彼此又是一番推让。等到傅斯年最后走出来的时候，剩下的两个工人一看，吓了一大跳，因为傅斯年比刚才的两个人都胖得多，于是两个
工人抬起滑竿转头就跑，弄得请客的主人甚是尴尬！我想许多人看到这里都会莞尔一笑，因为在四川抬滑竿的，实在没有太壮的人！ 决斗
还有一次为中医问题，傅斯年反对孔庚的议案，两个人激烈辩论，孔庚当然辩不过傅斯年，于是在座位上开始辱骂傅斯年，说了许多的粗话，傅斯年气得说：“你侮辱我，会散之后我要和你决斗。”等到会散之后，傅斯年真的拦在门口要和孔庚决斗，可是他一见孔庚七十几的年纪，身体又非常瘦弱，傅斯年立刻将双手垂了下来说：“你这样老，这样瘦，不和你决斗了，让你骂了罢！” “背叛”师门
傅斯年生于山东聊城一个没落的名门望族。说起傅氏家族，还真是不容小觑，傅斯年的祖先傅以渐是清朝建立后的第一个状元，其后，傅氏家族科考得意者不计其数，官至封疆大吏的也不乏其人。因此，山东傅氏有“开代文章第一家”的称誉。但是到了傅斯年这一代，傅氏家学虽然依旧渊源，但已经没有什么生活质量可言了。傅斯年在北大期间的生活费用，就是靠别人接济的。傅斯年的国学功底是非常深厚的，上大学时，虽然只有十几岁，但俨然一位“国学小专家”。他的治学功底甚至强过了北大当时的某些教授.据傅斯年好友罗家伦回忆，“在当时的北大，有一位朱蓬仙教授，也是太炎弟子，可是所教的《文心雕龙》却非所长，在教室里不免出了好些错误??恰好有一位姓张的同学借到那部朱教授的讲义全稿，交给孟真。孟真一夜看完，摘出三十几条错误，由全班签名上书校长蔡先生，请求补救，书中附列这错误的三十几条。蔡先生自己对于这问题是内行，看了自然明白??到了适当的时候，这门功课重新调整了.”
傅斯年本是黄侃的得意弟子，但一次偶然机缘，傅斯年竟“背叛”师门，成了胡适的学生。胡适刚到北大教授中国哲学史的时候，因为讲授方法和内容特别，在学生中引起不小的争议。有人认为胡适远不如国学大师陈汉章，想把他赶走；有人则认为，胡适读的书虽然没有陈汉章多，讲课却颇有新意。傅斯年本不是哲学系的学生，但在同室顾颉刚的鼓动下去旁听了几次胡适的课。结果听完之后非常满意，于是傅斯年对哲学系几位要好的同学说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这条路是对的。你们不能闹。” 由于傅斯年在同学中的威信，年轻的胡适在北大讲坛站稳了脚跟。后来回忆起这段日子时，胡适感慨地说：“我这个二十几岁的留学生，在北京大学教书，面对着一班思想成熟的学生，没有引起风波；过了十几年以后才晓得孟真暗地里做了我的保护人。” 参政而不从政
他在担任国民参政员时，曾经两次上书弹劾行政院长孔祥熙，上层虽不予理睬，但后来还是让他抓住了孔祥熙贪污的劣迹，在国民参政大会上炮轰孔祥熙。蒋介
石为保护孔祥熙，亲自出面宴请傅斯年，想为孔祥熙说情。二人有这样一段著名的对话:
蒋问:“你信任我吗？”傅斯年答:“我绝对信任。”“你既然信任我，那么就应该信任我所任用的人。”傅斯年说:“委员长我是信任的，至于说因为信任你也就该信任你所任用的人，那么，砍掉我的脑袋我也不能这样说。”蒋介石无奈，只得让孔祥熙下台。
1945年6月，宋子文继任行政院长。1947年2月15日，傅斯年在《世纪评论》上发表《这个样子的宋子文非走不可》一文，对宋子文的胡作非为进行了猛烈抨击。朝野震动，宋子文也只好在社会上的一片反对声中辞职。 拒不做官
也许是听腻了阿谀奉承的话，看腻了唯唯诺诺之态，蒋介石对傅斯年这个桀骜不驯之士不但没有恼怒，反而欣赏有加，一心把傅斯年拉入政府当官。
早在1946年初，蒋介石就与陈布雷商量，要在北方人士中补充一个国府委员。陈布雷对蒋介石说，北方不容易找到合适人选，蒋介石提议说：“找傅孟真最相宜。”陈布雷了解傅斯年的志向与秉性，对蒋介石说：“他怕不干吧。”蒋介石大概不相信有人不愿当官，他很有信心地说：“大家劝他。”
结果，任说客说破了天，傅斯年坚决不肯加入政府。蒋介石死了心，转而想拉胡适进入政府，希望傅斯年能做做说服工作，结果傅斯年也竭力反对。在给胡适的信中傅斯年说，两人一旦加入政府，就没有了说话的自由，也就失去了说话的分量。“一入政府，没人再听我们一句话”。他劝胡适要保持名节，其中有一句话极有分量：“借重先生，全为大粪堆上插一朵花。”正是这句话，打消了胡适做官的念头。
对于傅斯年拒不做官的气节，李敖一直赞誉有加。在《李敖有话说》中他就说：“有一个人学生领袖傅斯年，终其一生不肯加入国民党。他不但不加入国民党，还鼓励他的老师胡适要采取跟国民党并不很合作的态度。这一点我觉得傅斯年很了不起??他们要发挥这个知识分子的力量，可是又不想被国民党吃掉，不被国民党同化??真正的夹缝里面的自由主义者，不做国民党也不做共产党，他没有社会地位，很苦。”
蒋介石到台湾后，把傅斯年当作“座上宾”，时常邀请他到总统府吃饭，商议国事。李敖在《李敖有话说》中讲了这样一个细节：“到台湾来以后，有一天，当时的代总统李宗仁到台湾来，在台北的松山飞机场要下飞机的时候，蒋介石跑去欢迎李宗仁。在松山机场的会客室里面，蒋介石坐在沙发上，旁边坐的就是台湾大学校长傅斯年。傅斯年怎么坐的?在沙发上面翘着二郎腿，拿着烟斗，就这样叼在嘴里，跟蒋介石指手画脚讲话。其他的满朝文武全部站在旁边，没有人在蒋介石面前敢坐下。凭这一点大家就知道傅斯年在台湾的地位。”
遗憾的是，这位敢说话、办实事的台大校长，来台湾不到一年，就在参加省参议会第五次会议时突然倒在了议会厅。蒋介石闻讯后，立即派行政院长陈诚前去指
挥抢救，动员台湾所有名医，不惜任何代价抢救傅斯年。他本人则守候在电话旁，焦急等待陈诚每半小时的汇报。傅斯年因脑溢血去世，享年仅54岁。