Illumina对MiSeq的定位是聚焦通量（Focused power）：快速简约，适合靶向和小型基因组测序；NextSeq 500是灵活通量（Flexible power）：快速简约，适合每日基因组学；而HiSeq 2500是生产通量（Production power）：强大高效，适合大规模基因组学。
全基因组测序单次运行可开展多少大型基因组测序实验（人类基因组，30倍覆盖度）? MiSeq：不适用
? NextSeq 500：1 ? HiSeq 2500：1-10
单次运行可开展多少小型基因组测序实验（5 Mb微生物基因组，如大肠杆菌，30倍或以上覆盖度） ? MiSeq：1-96
? NextSeq 500：120-792 ? HiSeq 2500：96-6660
外显子组测序单次运行可开展多少外显子组测序实验（读长2 x 150 bp） ? MiSeq：1 ? NextSeq 500：3-9 ? HiSeq 2500：96
参考《NextSeq 500 System Exome Solution Application Note》
RNA测序单次运行可开展多少基因表达谱分析实验（每个样品10M reads） ? MiSeq：1-2 ? NextSeq 500：13-40 ? HiSeq 2500：60-400
单次运行可开展多少转录组测序实验（每个样品50M reads） ? MiSeq：不适用 ? NextSeq 500：2-8 ? HiSeq 2500：12-80
参考《NextSeq 500 System RNA-Seq Solution Application Note》