口手续），涉及商检项目需办理通关单。海关签发的进（出）口货物报关单，企业可凭此办理日后手册的核销。
（三）对于保税区企业与黄埔关区内加工贸易企业间转出部分的结转可按如下程序办理：
1、区内企业向保税区业务监管科办理深加工结转的审批手续，并预申报转出计划。 2、保税区业务监管科对申请表审核同意后，由区内转出企业将深加工结转申请表交对方转入企业，转入企业凭申请表和转入方的《登记手册》复印件到当地海关办理备案手续。
3、转入地海关审核同意后，在深加工结转申请表上批注同意后，区内企业即可开始办理货物的转出。
4、区内企业根据保税区海关核准的计划量分批出货，货物经保税区货检场出区时，转出企业凭保税区业务监管科核准的《深加工结转申请表》，由查验科批注盖章后，验货放行。
5、在结转计划执行完毕或规定的有效期限内（一般为3个月），转出、转入企业应到开发区办（保税区海关）办理结转报关手续（即一次性办理区外加工贸易企业产品的进口手续）。海关签发的进（出）口货物报关单，企业可凭以办理日后手册的核销。 （四）对于保税区企业与区外跨关区加工贸易企业间转入部分的结转可参照第二条程序办理。
（五）对于保税区企业与区外跨关区加工贸易企业间转出部分的结转可按如下程序办理：
由区外加工贸易企业到保税区业务监管科办理进口手续。可由区外加工贸易企业凭手册到保税区海关办理进口手续，也可由区外加工贸易企业在当地主管海关办理进口手续后，按转关运输货物的监管办法到保税区海关提货。或经海关批准后，采取申报计划，分批出货，集中报关的办法。
五、保税区内生产性企业生产的产品内销
《保税区海关监管办法》第二十二条对保税区内生产性企业生产的产品销往非保税区做出了原则性规定。
1、征税的问题：如产品部分含有进口原材料，按进口原材料征税；如产品全部用进口料件生产或对产品中所含料件申报不实的，按制成品征税。
2、补税的主体：既可由区内加工企业直接向海关申请补税，也可由区外企业委托
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外贸公司代理进口征税。
3、征税的时间：企业在生产过程中如需将其生产的产品销往非保税区的，由企业向保税业务管理局提出申请，经批准后向保税区业务监管科办理补税手续，而不需要待合同执行完毕核销时再办理。
六、保税区内生产性企业在生产过程中允许国内购料
区内企业生产的产品使用部分进口料件和部分国产料件，生产的产品全部出口或有一部分销往国内，一部分出口。在保税区业务监管科备案时，国产料件的主料以及辅料应纳入加工贸易手册上监管，国产料件进区，经海关同意，允许以“分批进区、集中报关”的方式办理相关进区手续。集中报关时，国产主料及辅料以一般贸易的方式办理出口到保税区进行保税仓储，然后再办理出仓到加工贸易手册的相关手续。
七、进口设备可凭保函办理出区检测维修
企业凭申请、进口报关单复印件及进出区登记表备案后出区，设备回区后到保税区业务监管科核销，海关认为必要时，企业需提交货物税款等值银行保函。
八、转厂出区的产品，因有不良品客户退货需进区维修或更换后再出区 可按以下步骤办理：（1）进区登记：区内企业向保税业务监管科备案，经批准后将不良品运回保税区，查验科凭备案报告批注盖章，查验放行；（2）出区放行：不良品进区维修或更换后再出区时，区内企业凭进区时的备案报告，由查验科批注盖章后，查验放行，货物出区。
九、转厂转入的料件中的不良品退回出区
如转入料件中的不良品退回出区，其做法是区内企业向海关保税业务监管科申请出区备案，查验科凭备案报告批注盖章验放，不良品出区。
十、进口料件在生产加工过程中产生的余料
余料退港可以在手册执行过程中随时向海关申报，由保税区业务监管科签注意见后方可办理。
余料结转到下一本手册。
料件内销。但来料加工企业不允许余料内销。
十一、进口料件进区后经检验有不良品，需退回供应商维修或更换，可办理不良品退港手续
不良品的界定是指因损坏不能使用的料件，以及因规格偏差而不符合使用的料件；在料件进区后经检验有不良品，可向海关申请办理不良品退港。
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保税区物流业务运作指南
一、境外货物进入保税区
根据《保税区海关监管办法》规定，境外货物进入保税区分两种情况申报。 1、经营性货物实行备案制：即区内企业向境外购买的货物进入区内仓储、境外企业委托区内仓储的货物及区内加工企业自用的生产用零配件及原材料等，企业凭《中华人民共和国进境备案清单》向海关办理备案手续即可，不实行进出口配额、许可证管理。如国家有特殊管定的，必须按有关规定办理。
2、自用进口物品实行报关制：区内企业自用的基建物资、办公用品、生产设备等予以免税，按减免税报关手续向海关申报。
二、货物从保税区运往境外
从保税区运往境外的货物，实行备案制。不实行出口配额、许可证管理。但如区内加工企业生产属于被动配额管理的出口产品，应当事先经国家有关主管部门批准。
三、货物从保税区进入非保税区
从保税区进入非保税区的物资分为两大类：即实行进口报关制的货物和实行登记备案制的临时出区的货物。
（一）进口报关货物，从区内出区的进口报关货物，必须由区外有进出口权的企业向保税区海关申报。具体分两种情况： 1、货物以一般贸易方式从保税区进口。
货物以一般贸易方式从保税区申报进口时，经由区外贸易公司办理进口征税手续，区内贸易公司将境外货物运进区内仓储时作为备案清单上的收货人，同时区内贸易公司将这批货物委托外贸公司代理进口时，也可成为进口报关单上的收货人。 2、区外加工贸易企业从保税区进口。
方式一：区外加工贸易企业凭手册向保税区业务监管科办理出区进口编号。此种方式需区外加工贸易企业凭手册向开发区办（保税区海关）申报。
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方式二：区外加工贸易企业在当地主管海关办理进口手续后，按转关运输货物的监管办法到保税区海关提货。此种方式则不需要区外加工贸易企业凭手册到保税区海关申报。
（二）实行登记备案制的临时出区的货物。
1、出区维修：临时出区维修的货物由货物所有人事先向保税区业务监管科申请，查验科凭申请报告批注盖章验放。货物进出区完毕后，货物所有人凭有效单证向保税区业务监管科办理核销手续。
2、临时出区展示货物：临时出区展示的货物需提供货物税款等值的银行保函进行担保，并经海关批准后在批准期限内出区展示和货物的相关返区手续。
四、国内货物从非保税区进入保税区
从非保税区进入保税区的货物分两大类：即出口报关货物和实行备案制的进区货物。
（一）出口报关货物，必须由区外有进出口经营权的企业向保税区海关申报，具体分两种情况：
1、货物以一般贸易方式从非保税区出口至保税区的货物，区外企业（无进出口权的需委托外贸公司）按照出口货物办理出口报关手续，区内企业向保税区海关申办货物进区备案手续。
2、区外加工贸易企业生产的产品出口至保税区
方式一：区外加工贸易企业向其主管海关办理异地报关备案手续后，凭手册到保税区海关办理出口手续。
方式二：区外加工贸易企业在当地主管海关办理出口手续后，按转关运输货物的监管办法将货物运至保税区。 （二）实行备案制的进区货物。
区内企业在国内非保税区采购的自用物资（包括基建物资、办公用品、生产设备）进区时实行备案。
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五、加工贸易企业产品出口至保税区后复进口至国内非保税区
区外加工贸易企业将产成品出口至保税区，可再按一般贸易将货物进口至国内非保税区，也可由区外加工贸易企业凭手册从保税区进口（如区外来料加工企业的成品按规定不能直接内销）。按一般贸易方式进口时，外贸公司需在所在地外经部门申领货复进口证明文件，出口至保税区但未离境的货物不可申报出口退税。
六、开展“两头在外”的转口贸易业务
保税区企业可以开展“两头在外”的转口贸易，保税区的企业可以从境外购货后再销往境外，如果货物从境外进区后再运往境外，货物进出境的手续按有关要求办理，如果货物不进区的，在外汇收支方面先收后支办法向外管局申请办理。
七、出口拼箱业务
经保税区海关批准后，区内企业可开展出口拼箱业务。即区内企业可将从国内出口到保税区的货物、区内加工贸易企业生产的成品、区内仓储企业的保税货物，按不同的监管方式向海关申报后，在区内出口专用仓拼箱后申报离境。
八、“先放后征”业务
经海关核定资格后，企业在货物出区前向海关申请预归类、预审价，并提交保证金或银行保函，货物出区后企业在海关规定的期限内到海关办理集中报关手续。
九、中国超级干线业务
经开发区办（保税区海关）与深圳皇岗海关认定的中国超级干线业务可为区内企业提供空运货物进口直转物流服务，即香港空运物资陆运经皇岗口岸直转至开发区办（保税区海关）报关进口的特殊物流配送业务。
十、进口分拨业务
保税区分拨企业是在区内设立了一定面积的自用型保税仓库（自有或相对固定租赁）后，自营货物以集中进货仓储、分拨出库形式，以明确稳定的分拨方向和完整的分拨计划将零部件或产成品分拨至境内外生产厂和销售点的企业。
根据《保税区外汇管理办法》的规定，经管委会和海关批准的区内货物分拔企业，
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