民总管府等。
丽江木氏土司——木氏世袭土官知府的统治势力一直伴随着明王朝，直到清雍正元年改土归流为止，共传了18代。如果加上元朝四代，共22代。其家族统治丽江地区共470年。木氏谨慎为官，虽有越郡买地等小疵被人参奏，中央王朝有关部门仍予保护。其中受封荣衔最高的是木增，官左、右布政使司布政使，从二品。
武定凤氏土司——隋唐时期，罗婺部落逐渐兴起，成了地方统治者，1255年，忽必烈南征云南，阿而曾孙矣格率部归顺，被授罗婺万户候，辖禄劝、元谋、武定和四川会理一部分地区。元至元7年，罗婺土官升云南中书行省参政，“武定”一词始见于文献。明洪武14年，傅友德，沐英攻云南，武定府女土司商胜，备粮千石，到昆明金马山迎接明朝大军。朱元璋特赐商胜“金带一条，授中顺大夫、武定军民府土官知府”，罗婺的影响力逐渐由武定向滇东北地区扩大，甚至影响全滇。明宏治３年，孝宗皇帝赐姓凤氏，第17代土司阿英改名凤英，凤氏土司从此沿由来。凤英及其子孙丝带因功授予云南布政司参政（从三品）兼武定军民府土知府。隆庆元年至万历三十六年，朝廷乘凤氏土司家庭内部发生权利纷争，削去了凤氏的知府职位，实行流官制度，设武定府。
广南侬氏土司——广南侬氏土司，自元代至民国三十七年（公元1264—1948）共计684年，由壮族侬氏家族世袭28代，掌握着东至广西西林县境300里，南至广西安土州300里，西至广西直隶州五槽界270里，北至罗平界300里的地区。直到1948年，边纵游击队到达，才彻底废除。
西双版纳车里军民总管府——元朝征服云南之后在傣族地区先后建立了：金齿安抚司、车里军民总管府、八百宣慰司等四十多个土司。1325年，元政府委任西双版纳傣族第七世第八任召片领刀爱为总管，佩金虎符。车里宣慰司设
于明洪武十五年（1383年），以第八世第九任召片领刀坎为宣慰使，包括今天的西双版纳、思茅地区的一部分以及缅甸、老挝境内的部分地区。到明朝中后期，由于缅甸洞吾王朝（以清迈为中心）的兴盛和明朝的衰落，因而使西双版纳地区与中央王朝的联系减少。1568年缅甸大光王征服景龙（即景洪），傣族第十四世、十九任召片领（明朝宣慰使）刀韫勐出降。从第十五世、二十一任召片领刀应勐开始，傣族首领既要受明朝皇帝册封，又要受缅甸王册封，后者对西双版纳实际控制，而且征收赋税，“西双版纳”之名由此而来。清朝建立后，在傣族地区仍然沿袭明代土司制，但其间亦有所损益。乾隆以后一直到清末，由于清朝势力的衰弱以及外来入侵的加剧，西双版纳基本是一个独立于中央王朝绝对控制之外的地区。民国初年，西双版纳归普思沿边行政总局管理。1944年刀世勋继位，云南省政府主席龙云为他举行了隆重的仪式。解放后，直至1956年民主改革，西双版纳建立了自治州，傣族土司制方才退出了历史舞台。
1656年，南明大将李定国拥永历帝至云南，云南再次进入历史的视野。1658年清军分三路进攻云南，年底，永历君臣撤往大理。1659 年初，清军未经抵抗即入昆明，永历帝退至永昌（保山），清军发兵追击，克永昌，渡过怒江直逼腾冲。永历帝经边境铁壁关逃入缅甸境内，经水路至缅甸首都阿瓦。1661年（永历十五年），吴三桂率清军入缅，索求永历帝，缅甸国王将永历帝交于清军，次年四月永历帝与其子等被吴三桂绞死于昆明。七月，李定国在真腊得知永历帝死讯，亦忧愤而死。
顺治十六年（1659年）吴三桂攻下云南后，清廷委其开藩设府，镇守云南，总管军民事务。权力和声势都达到顶点的时候，吴三桂与清朝中央政府的矛盾却激化起来。康熙十二年（1673年）春，康熙皇帝作出了令其移藩的决定，十
一月，吴三桂杀云南巡抚朱国治，自称天下都招讨兵马大元帅，提出“兴明讨虏”，起兵反清，迅速占领南方多省。康熙十七年（1678年），吴三桂在衡州府（今衡阳市）称帝，五个多月后在皇宫驾崩，皇孙吴世璠继皇位。康熙十九年（1680年），清军下四川、贵州并进兵云南。康熙二十年（1681年）春，清军围昆明，十月，昆明城内粮尽援绝，吴世璠自杀，余部投降。由吴三桂掀起的持续八年之久的一场大规模的内战至此全部平定。
1909年，清朝实行新政，云南编立新军，成立云南陆军讲武堂，出了两位共和国元帅。
1910年4月1日，滇越铁路全线通车。全长468公里，为中国最早修筑的铁路之一，也是中国最长的一条米轨铁路。抗日战争时期（1940-1942年），曾分段拆除近250公里，新中国成立后立即着手修复，1957年恢复全线通车。
1911年 10月30日 昆明“重九”起义。11月3日成立云南军政府，举蔡锷为都督。后唐继尧继任都督。
1915年12月，蔡锷在昆明通电全国发对帝制，发动护国战争反对袁世凯称帝，最终取得成功。
1929年，蒋介石任命龙云为云南省政府主席、国民革命军第十三路军总指挥等，以龙云为首的云南地方实力派统治在云南确立。
1938年，滇缅公路修通，成为抗战初期中国与境外联系唯一的交通线。另一条著名的大通道就是“驼峰航线”。1942年10多万中国远征军从云南进入缅甸配合英军与日军作战，此次入缅甸作战失败后，中国远征军一部进入印度，编为中国驻印军，另一部退守滇西。日军沿滇缅公路进至保山惠通桥，隔怒江与中国军队对峙2年。1943年，驻印军击破日军进入缅北，开启缅甸反击战。1944年，远征军由滇西渡过怒江，发动滇缅战役，于9月14日收复腾冲，日
军全部被歼。11月6日攻克龙陵，日军大部被歼，11月14日，攻占八莫，1945年1月15日攻克南坎，日军大部被歼。滇缅战役历时一年半，盟军以伤亡6.7万的代价，毙伤日军2.5万余人，成为八年抗战中唯一全歼日军的战役，打通了中国西南国际交通线——滇缅公路。
1938—1946年，清华大学、北京大学、南开大学在昆明联合办学，称为国立西南联合大学。
1949年12月9日，卢汉在昆明五华山宣布起义，15日—20日发起昆明保卫战，昆明军民击退中央军第八军、二十六军进攻。1950年2月中旬，陈赓、宋任穷率领解放大军入滇， 2月20日，解放大军举行入城式，昆明和平解放。
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